数据集概述
本数据集包含16个与RNA测序分析相关的文件，涵盖分析脚本、配置文件、样本数据、基因集等内容，涉及Rotenone和Hpy两种实验条件下的神经元RNA测序样本信息，可用于RNA测序数据的处理、分析及可视化。
文件详解
- 代码文件
- 文件名称：Rot_run_snakemake.sh、Hpy_run_snakemake.sh、RNAseq_utils.R、common_utils.R、TPM_norm.R、Codes_for_figures.Rmd、Hpy_RNAseq_analysis.Rmd、Rot_RNAseq_analysis.Rmd、Hpy_Snakefile_RNAseq-hpy_ponatinib_neurons.py、Rot_Snakefile_RNAseq-rotenone_ponatinib_neurons_RNAseq.py
- 文件格式：.sh、.R、.Rmd、.py
- 字段映射介绍：包含用于RNA测序数据处理的Snakemake脚本、R语言工具函数、TPM标准化脚本、结果可视化代码及分析报告文档
- 配置文件
- 文件名称：Hpy_config-hpy_ponatinib_neurons.yaml、Rot_config-rotenone_ponatinib_neurons_RNAseq.yaml
- 文件格式：.yaml
- 字段映射介绍：存储Hpy和Rotenone实验条件下RNA测序分析的配置参数
- 数据文件
- 文件名称：Rot_samples.csv、Hpy_samples.csv、geneSets_in_euler_filteresByMarzieh-LAST.xlsx
- 文件格式：.csv、.xlsx
- 字段映射介绍：CSV文件包含样本的Protein、Condition、Rep、Run、Genome、Treatment、LibraryLayout等信息；Excel文件包含筛选后的基因集数据
适用场景
- RNA测序数据处理: 使用Snakemake脚本和配置文件执行标准化的RNA测序数据分析流程
- 基因表达分析: 基于样本数据和TPM标准化脚本计算基因表达量并进行差异分析
- 实验结果可视化: 通过Rmd文件生成RNA测序分析结果的图表及报告
- 基因集功能研究: 利用筛选后的基因集数据开展生物学功能富集分析
