数据集概述
本数据集围绕Relaxed random walk（RRW）模型展开，包含27个文件，以XML格式为主。RRW模型通过分支特异性速率乘数调整系统发育树上的布朗扩散过程方差，用于更准确地建模生物数据。数据集提供了用于贝叶斯框架下高效拟合RRW的方法相关文件，包括模拟数据与实际案例（如西尼罗河病毒、哺乳动物生活史性状）的分析配置文件，支持研究RRW模型的推断效率与可扩展性。
文件详解
- 分析配置文件（XML格式）
- 文件名称：Simulation_UMH.xml、WNV_HMC.xml、Mammals_RRW_sCov_lkj.xml等24个XML文件
- 文件格式：XML
- 字段映射介绍：包含贝叶斯推断框架下RRW模型的参数配置、数据输入路径、采样器设置（如HMC、Metropolis-Hastings）等信息，支持系统发育性状演化的模拟与实际数据分析
- 说明文档（MD格式）
- 文件名称：README.md
- 文件格式：MD
- 字段映射介绍：提供BEAST软件（用于系统发育分析）的安装与配置指南，包括Java版本要求、git安装说明等
- 其他文件
- 文件名称：WNV_squareJumpStart_UMH、WNV_squareJumpStart_HMC
- 文件格式：无扩展名
- 字段映射介绍：可能为RRW模型分析过程中的辅助输入或中间结果文件
适用场景
- 系统发育性状演化模型研究：用于分析RRW模型在生物数据（如病毒扩散、哺乳动物性状）中的拟合效果与参数推断
- 贝叶斯推断方法效率比较：对比HMC采样器与传统Metropolis-Hastings方法在RRW模型中的计算效率与准确性
- 大规模生物数据分析：验证RRW模型在高分类单元数量（如3650个节点的系统发育树）下的可扩展性
- 生物信息软件应用：结合BEAST软件，开展系统发育性状演化的模拟实验与实际数据处理
