数据集概述
本数据集为酿酒酵母高通量培养代谢组学认证研究的支持信息,包含13类核心文件和7个补充文件,总计20个文件。内容覆盖生理参数、代谢组学数据输入/结果、化合物注释、统计分析及脚本等,支持非靶向代谢组学认证方法的验证与复现。
文件详解
- 核心数据文件(13类,.xlsx格式为主)
- F1/生理约束:文件名含“Physiological Constraints”,记录生长速率、葡萄糖摄取、胞内13C琥珀酸浓度等参数
- F2/PAVE输入与加合物列表:文件名含“PAVE_Input_&_Adduct_List”,提供代谢组学分析输入数据及加合物信息
- F3-HILIC认证结果:文件名含“HILIC_PAVE_Results”,存储亲水相互作用色谱(HILIC)数据的认证结果
- F4-RP脂质认证结果:文件名含“RP_lipids_data”,记录反相色谱(RP)脂质数据的认证结果
- F5-HILIC Level 2A注释:文件名含“MS-DIAL and manual mass shift quality control”,通过MS-DIAL和手动质量偏移质控完成的二级注释
- F6-MetFrag/PCLite注释R脚本:文件名含“MetFrag_PCLite.R”,.r格式,用于化合物注释的分析脚本
- F7-MetFrag/PCLite HILIC注释:文件名含“MetFrag/PCLite”,基于MetFrag/PCLite工具的HILIC注释结果
- F8-RP脂质MS-DIAL注释:文件名含“MS-DIAL”,通过MS-DIAL完成的RP脂质注释
- F9-Level 1化合物鉴定:文件名含“Level 1 compounds identification”,一级化合物鉴定结果
- F10-InChKey数据库比对:文件名含“YMDB and HMDB recovery analysis”,基于InChKey的酵母代谢组数据库(YMDB)和人类代谢组数据库(HMDB)比对分析
- F11-PAVE文献比对:文件名含“comparison with PAVE publication”,与PAVE文献的InChKey比对结果
- F12-统计结果:文件名含“Statistic Results”,研究相关的统计分析数据
- F13-上清液测量:文件名含“Supernatant measurements”,上清液代谢物测量数据
- 文件格式分布:.xlsx(19个,占95%)、.r(1个,占5%)
适用场景
- 酿酒酵母代谢组学方法验证:用于验证高通量培养结合认证式非靶向代谢组学的实验流程与分析方法
- 代谢组学注释工具评估:比较MS-DIAL、MetFrag/PCLite等工具在酿酒酵母代谢物注释中的性能
- 微生物代谢生理研究:分析生长速率、葡萄糖摄取等生理参数与代谢物浓度的关联
- 代谢组学数据库应用:通过InChKey与YMDB、HMDB的比对,评估数据库在微生物代谢组研究中的覆盖度
- 脂质组学数据分析:基于RP脂质数据的认证结果,开展酿酒酵母脂质代谢特征研究