数据集概述
本数据集为Salicaceae科中Salix（柳属）和Populus（杨属）及其近缘类群的系统发育组学研究补充材料，包含基于787个基因区域构建的系统发育树、基因序列捕获数据、杂交事件分析结果及多样化速率变化证据，用于揭示导致系统发育冲突的古老杂交模式与差异化多样化机制，共9个文件。
文件详解
- 文档类文件
- 文件名称：README_SuppMaterials_2023.md、Olson_PopSalixPhyl_SuppMethods_Clean_31May2023.pdf、SupplementFigures_SandersonFinal2023.pdf
- 文件格式：MD、PDF
- 字段映射介绍：包含数据集内容摘要、实验方法细节、结果图表及图表描述，辅助理解研究背景与分析流程
- 表格类文件
- 文件名称：SupplementaryTables_Olson2023_Revision.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含研究相关的补充表格数据，具体字段需参考表格内容
- 序列与树文件
- 文件名称：concat787_20apr2021_2.nex、genetrees.787.tre
- 文件格式：NEX、TRE
- 字段映射介绍：NEX文件为787个基因区域的串联序列数据；TRE文件为787个基因的系统发育树集合
- 压缩与变异文件
- 文件名称：787geneNexusFiles.zip、pop787.final.vcf.gz、salix787.final.vcf.gz
- 文件格式：ZIP、VCF.GZ
- 字段映射介绍：ZIP文件包含787个基因的Nexus格式序列文件；VCF.GZ文件为Populus和Salix类群的基因变异数据
数据来源
论文“Phylogenomics reveals patterns ancient hybridization and differential diversification that contribute to phylogenetic conflict in willows, poplars, and close relatives”
适用场景
- 植物系统发育冲突分析: 利用基因树集合与串联序列数据，研究Salix和Populus属系统发育冲突的来源
- 古老杂交事件检测: 通过系统发育组学数据识别Salicaceae科深层分支的杂交事件，揭示杂交对进化的影响
- 多样化速率研究: 分析Salix属Vetrix-Chamaetia分支的多样化速率变化，探讨快速辐射进化机制
- 基因序列捕获数据应用: 基于787个基因区域的捕获数据，开展相关类群的分子进化与亲缘关系研究
- 生物分类学参考: 为Salix属亚属与组的分类修订提供系统发育组学证据支持
