数据集概述
本数据集为大西洋鲑鱼（Salmo salar）开发的Ion Torrent Ion PGM平台基因分型检测数据，包含217个成功扩增的SNP标记，涉及遗传性别鉴定、中性遗传变异评估、海成熟年龄相关功能变异分析及遗传亚群分配模块，用于监测特诺河鲑鱼长期遗传变化，适用于多种鲑鱼种群研究。
文件详解
- 文件名称：README_for_Aykanat et al 2016 JFB codes_rev1.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含数据集背景说明、文件清单及小描述，涉及论文作者、期刊信息及DOI编号。
- 文件名称：Aykanat et al 2016 JFB codes_rev1.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：压缩包内包含主R代码文件，用于处理Ion Torrent原始fastq输出，实现SNP基因型的调用。
数据来源
DRYAD数据库（论文“From population genomics to conservation and management: a workflow for targeted analysis of markers identified using genome-wide approaches in Atlantic salmon Salmo salar”）
适用场景
- 大西洋鲑鱼遗传监测: 用于特诺河及其他种群的长期遗传变化监测。
- 遗传性别鉴定: 利用sdy部分基因产物标记确定大西洋鲑鱼的遗传性别。
- 中性遗传变异分析: 通过150个中性SNP标记评估种群的遗传多样性。
- 功能遗传变异研究: 分析5个与海成熟年龄相关的功能SNP标记的变异模式。
- 遗传亚群分配: 应用61个SNP标记进行大西洋鲑鱼的遗传亚群归属分析。
- 目标测序检测开发: 参考该检测开发流程，为其他物种设计目标测序检测方案。
