数据集概述
该数据集为SAPHIR组织细胞计数应用开发，包含肠道派尔集合淋巴结的原始3D图像（19juil05a1.czi），涵盖6个荧光通道（标记T淋巴细胞、细胞核、吞噬细胞、B淋巴细胞、增殖细胞核等）。通过MorpholibJ工具进行3D增殖细胞分割，计算T/B淋巴细胞通道的平均强度并保存至归一化强度文件，支持组织细胞计数分析。
文件详解
该数据集包含13个文件，具体说明如下：
- 核心图像文件：
- 19juil05a1.czi：原始3D图像文件，包含6个荧光通道数据
- 19juil05a1_BAND.tif：多通道合成图像文件
- Montage_19juil05a1.tif：图像拼接文件
- 分析结果文件：
- Intensity_Normamlized_19juil05a1.txt：归一化强度数据文件，包含ID、T/B淋巴细胞强度、位置坐标、形态学参数（面积、圆度、坚实度）等字段
- legend_19juil05a1.csv：通道说明文件，映射6个通道对应的标记物（LT、细胞核、吞噬细胞等）
- 宏脚本与插件文件：
- Cluster_DBSCAN_2020_juillet_23_version1.ijm：DBSCAN聚类分析宏脚本
- Cytometrics_2020_september_version1.ijm：组织细胞计数宏脚本
- plugin_to_install.zip：需安装的插件压缩包
- script-python.zip：Python脚本压缩包
- RoiSet_19juil05a1.zip：感兴趣区域集合压缩包
- RoiSet_19juil05a1_convex_hull.zip：凸包感兴趣区域集合压缩包
- 说明文档：
- README.txt：使用说明文件，包含宏脚本操作指南
- Histo_cytometry.pdf：研究海报，详细说明分析流程
适用场景
- 组织细胞计数研究：支持SAPHIR应用的组织细胞定量分析
- 3D图像分割算法开发：用于验证和优化复杂生物图像的3D分割方法
- 免疫细胞空间分布分析：研究肠道派尔集合淋巴结中免疫细胞的分布特征
- 形态学参数定量研究：分析增殖细胞的形态学特征（面积、圆度等）与免疫状态的关联
