数据集概述
本数据集为论文“Predominance of antibody-resistant SARS-CoV-2 variants in vaccine breakthrough cases from the San Francisco Bay Area, California”的配套数据，包含新冠病毒变异株频率、进化树、补充表格及数据处理脚本等8个文件，支持研究疫苗突破性感染中抗体耐药变异株的特征。
文件详解
- 数据文件（.json格式，共3个）
ncov_north-america_usa_california_san_francisco-county_tip-frequencies.json：变异株尖端频率数据ncov_north-america_usa_california_san_francisco-county_root-sequence.json：根序列数据ncov_north-america_usa_california_san_francisco-county.json：旧金山郡新冠病毒基础数据- 进化树文件（.nwk格式，共2个）
tree_raw.nwk：原始进化树数据tree.nwk：处理后的进化树数据- 代码文件（.ipynb格式，共1个）
plot_Ct.ipynb：Ct值绘图脚本- 补充表格文件（.xlsx格式，共1个）
SupplementaryTable_vaccine_paper.xlsx：疫苗研究补充表格- 数据处理脚本（.sh格式，共1个）
process_mutations_ver3.sh：突变数据处理脚本
数据来源
论文“Predominance of antibody-resistant SARS-CoV-2 variants in vaccine breakthrough cases from the San Francisco Bay Area, California”
适用场景
- 新冠病毒变异株耐药性研究: 分析疫苗突破性感染中抗体耐药变异株的流行特征
- 病毒进化分析: 基于进化树数据研究SARS-CoV-2的进化路径
- 疫苗有效性评估: 结合变异株数据评估疫苗对耐药变异株的防护效果
- 临床数据关联分析: 利用Ct值绘图脚本关联病毒载量与变异株特征
- 突变数据处理: 使用脚本进行新冠病毒突变数据的标准化处理
