数据集概述
本数据集围绕携带刺突蛋白L452R突变的SARS-CoV-2变异株展开，包含病毒全基因组测序数据、流行病学与统计分析代码、系统发育分析文件及补充表格，支持研究该变异株的传播、感染性及中和特性。
文件详解
该数据集包含16个文件，具体说明如下：
- 基因组数据文件：
- README-genome fasta files.txt：基因组FASTA文件说明文档
- SARS-CoV-2_490seqs_dates.fasta：490条带日期的SARS-CoV-2基因组序列FASTA文件
- SARS-CoV-2_2172genomes_GenBank_corrected_4-19-21_2086genomes_subtracted86 (1).fasta：2086条校正后的SARS-CoV-2基因组序列FASTA文件
- 系统发育分析文件：
- README-phylogenetic-analyses：系统发育分析说明文档
- SARS-CoV-2_Nextstrain_tree_1153seqs.nwk：1153条序列的Nextstrain系统发育树文件（NWK格式）
- SARS-CoV-2_490seqs_dates_beauti.xml：BEAST分析输入XML文件
- SARS-CoV-2_490seqs_dates.run1.log、SARS-CoV-2_490seqs_dates.run2.log、SARS-CoV-2_490seqs_dates.runs1and2.combined.log：BEAST分析日志文件
- SARS-CoV-2_490seqs_dates.run1and2.combined.MCC.tree：合并分析后的最大类群置信度树文件
- 分析代码文件：
- Ct_boxen_plots.ipynb、Ct_boxen_plots.py：Ct值箱线图绘制代码（IPython Notebook及Python格式）
- Ct_welchs_ttest.R：Ct值Welch t检验分析代码（R格式）
- growth_curves.R：生长曲线分析代码（R格式）
- 补充表格文件：
- TableS1_revised.xlsx：修订版补充表S1（Excel格式）
- TableS5.pdf：补充表S5（PDF格式）
适用场景
- 病毒变异研究：分析SARS-CoV-2刺突蛋白L452R突变株的基因组特征与进化关系
- 流行病学分析：研究该变异株的传播速率、倍增时间等流行动力学参数
- 病毒学特性研究：探究L452R变异株的感染性（通过Ct值分析）及中和特性
- 生物信息学方法应用：验证病毒基因组测序数据分析、系统发育树构建等方法的有效性
- 公共卫生决策支持：为评估L452R变异株的公共卫生风险提供数据支撑
