数据集概述
本数据集为非模式植物Scabiosa columbaria L.的转录组测序与基因组工具开发结果,结合Illumina和454测序技术获得528,557条454读段与28,993,627条Illumina读段,组装得到109,630条contigs,注释出12,516个独特基因,同时开发4,320个微卫星位点及75,054个SNP,为该物种的生态保护与种群生物学研究提供基因组资源。
文件详解
- 说明文件(README)
- 文件名称:README_for_Supplementary material S1.txt、README_for_Supplementary material S2.txt、README_for_Supplementary material S3.txt
- 文件格式:TXT
- 字段映射介绍:分别对应三个补充材料的说明文档,包含转录组测序方法、数据组装流程、基因注释及分子标记开发的详细背景与方法描述。
- 补充材料数据文件
- 文件名称:Supplementary material S1.xlsx、Supplementary material S2.xlsx、Supplementary material S3.xlsx
- 文件格式:XLSX
- 字段映射介绍:包含转录组测序原始读段统计、contig组装结果、基因注释信息、微卫星位点及SNP的具体数据表格,支持基因组资源的详细查询与分析。
数据来源
论文“De novo transcriptome characterization and development of genomic tools for Scabiosa columbaria L. using next-generation sequencing techniques”
适用场景
- 植物转录组学研究:分析Scabiosa columbaria的基因表达与功能注释,探索其生态适应性相关基因。
- 分子标记开发应用:利用微卫星位点与SNP数据开展种群遗传多样性、基因流及亲缘关系分析。
- 生态保护研究:为Scabiosa columbaria的濒危机制研究与保护策略制定提供基因组学依据。
- 非模式植物基因组工具开发:验证Illumina与454联合测序在非模式物种转录组分析中的可行性与优化方法。