数据集概述
本数据集包含八例肺腺癌(LUAD)患者及四例荷瘤小鼠肿瘤组织的单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据,共五个文件。结合临床信息与其他测序数据,可分析老年患者适应性免疫应答特征,为免疫检查点抑制剂治疗的年龄相关疗效研究提供支撑。
文件详解
- 细胞注释文件(cell_annotation_sce_8LUADs.csv)
- 文件格式:CSV
- 字段映射介绍:包含患者样本的细胞水平注释信息,如原始样本标识(orig.ident)、RNA计数(nCount_RNA)、基因特征数(nFeature_RNA)、细胞类型(Cell_type)、年龄(age)、性别(Sex)、吸烟史(Smoking)、肿瘤分期(Stages)等临床及测序指标。
- 小鼠单细胞元数据文件(mouse_scRNAseq_adata_metadata.csv)
- 文件格式:CSV
- 字段映射介绍:包含荷瘤小鼠样本的细胞元数据,如RNA计数(nCount_RNA)、基因特征数(nFeature_RNA)、线粒体基因百分比(pMT)、处理组(treatmentGroup)等。
- 小鼠原始计数数据文件(mouse_scRNAseq_adata_raw_counts.csv.gz)
- 文件格式:CSV.gz(压缩CSV)
- 内容说明:荷瘤小鼠单细胞RNA测序的原始表达计数矩阵。
- 患者细胞矩阵文件(cell_matrix_sce_8LUADs.csv.gz)
- 文件格式:CSV.gz(压缩CSV)
- 内容说明:八例肺腺癌患者的单细胞表达矩阵数据。
- 数据分析代码文件(code_for_scRNA_Aging_TME.zip)
- 文件格式:ZIP
- 内容说明:用于分析该单细胞测序数据(聚焦年龄相关肿瘤微环境)的代码压缩包。
适用场景
- 肺腺癌免疫微环境研究:分析患者肿瘤微环境中细胞类型组成、免疫细胞功能状态及年龄相关差异。
- 免疫治疗疗效预测:结合老年患者免疫应答特征,探究年龄对免疫检查点抑制剂治疗效果的影响机制。
- 肿瘤免疫学基础研究:利用小鼠模型与患者数据的对比,解析肿瘤相关免疫细胞的分子调控网络。
- 单细胞测序数据分析方法验证:基于提供的代码与原始数据,复现或优化单细胞数据处理及细胞注释流程。