数据集概述
本数据集为研究论文《定殖相关基因yqiC对鼠伤寒沙门氏菌全局转录组、细胞呼吸及氧化应激的影响》的补充信息，包含22个附加文件，涵盖表格、图表及序列比对文档，支持论文核心结论的验证与拓展分析。
文件详解
- 表格文件（XLSX格式，共7个）：
- Table S3. RNA-seq of 117 up & 291 down genes.xlsx：记录RNA-seq分析中117个上调基因和291个下调基因的数据
- Table S6. 30 clusters from emapplot of GO analysis.xlsx：GO分析emapplot生成的30个聚类结果
- Table S4. RNA-seq of SPI-1 to SPI-6 genes.xlsx：沙门氏菌致病岛（SPI-1至SPI-6）相关基因的RNA-seq数据
- Table S8. RNA-seq for omp genes.xlsx：外膜蛋白（omp）基因的RNA-seq数据
- 文档文件（DOCX格式，共2个）：
- Table S1. Sequences of primers for qRT-PCR.docx：qRT-PCR实验所用引物序列
- Table S2. Sequences of primers for 5 ETC genes.docx：5个电子传递链（ETC）基因的引物序列
- 图片文件（TIF格式，共10个）：
- Figure S8. KEGG in biosynthesis of secondary metabolite.tif：次级代谢物生物合成通路的KEGG富集图
- Figure S2. KEGG in Salmonella infection.tif：沙门氏菌感染相关通路的KEGG富集图
- Figure S10. KEGG in arginine biosynthesis.tif：精氨酸生物合成通路的KEGG富集图
- Figure S4. KEGG in glycolysis_gluconeogenesis.tif：糖酵解/糖异生通路的KEGG富集图
- PDF文件（共3个）：
- Additional file 3. Alignments for yqiC sequence identity.pdf：yqiC基因序列一致性比对结果
- Additional file 2. Gene sequence identity for chromosomes.pdf：染色体水平的基因序列一致性分析
- Additional file 1. Gene sequence identity for genomes.pdf：基因组水平的基因序列一致性分析
适用场景
- 微生物学研究：分析沙门氏菌yqiC基因对全局转录组的调控机制
- 分子生物学实验：验证qRT-PCR及ETC基因引物序列的准确性
- 生物信息学分析：利用RNA-seq数据挖掘差异表达基因及通路富集规律
- 传染病学研究：探究沙门氏菌致病岛及外膜蛋白基因的表达特征
- 代谢组学研究：解析沙门氏菌糖代谢、氨基酸代谢等通路的变化模式
