数据集概述
本数据集围绕上皮细胞分泌的细胞外基质微环境驱动肠道类器官形成的研究主题，包含转录组学、蛋白质组学、蛋白印迹实验及图像分析相关的多类型数据，为探究肠道类器官形成的分子机制提供全面的数据支持。
文件详解
该数据集包含多个目录和文件，具体说明如下：
- BulkRNA-seq分析数据（位于BulkRNA-seq/目录下）：
- 细胞类型评分文件：如Nikolaev et al.xlsx，含不同细胞类型（如Paneth、EE细胞）的基因参考列表（Paneth.txt、EE.txt等）
- 相关性矩阵文件：如MeanLCPM CorrelationMatrix.txt
- 反卷积分析文件：如Reference AverageExpression.csv
- 组间比较文件：如Matrigel ENRxD06ENRCD.txt、PegN ENRxD04ENRCV.txt等
- 蛋白质组学分析数据（位于Proteomics/目录下）：
- 定量蛋白质文件：Quantified_Proteins.txt，含Protein.IDs、Gene.names、LFQ.intensity等字段
- 凝胶图像文件：如Gel picture proteomics.pdf
- 蛋白印迹实验数据（位于Westernblot/目录下）：
- 原始图像文件：如PONCEAU gel2 3 and 4 top bottom.pdf、Composite_adj.jpg等
- 实验记录文件：Western.txt
- 图像分析工具（位于Image analysis algorithm macro for Fiji/目录下）：
- 宏文件：Shape descriptors.ijm、Straighten ROI and intensity profiling.ijm（Fiji软件用）
- 绘图数据：
- Plotted Data.xlsx：汇总的可视化数据文件
适用场景
- 分子生物学研究：分析细胞外基质微环境对肠道类器官形成的调控机制
- 转录组学分析：探究不同基质条件下肠道细胞的基因表达差异
- 蛋白质组学研究：鉴定上皮细胞分泌的关键细胞外基质蛋白
- 生物信息学分析：利用反卷积、相关性矩阵等方法解析细胞类型组成与基因表达关联
- 实验方法学参考：学习肠道类器官培养、蛋白印迹实验及图像分析的技术流程
