数据集概述
本数据集为“上新世晚期古海洋变化促进远洋海鸟快速多样化”研究的补充信息，聚焦鹱科海鸟（Ardenna、Calonectris、Puffinus属）。包含基因组数据、系统发育树、分析配置文件等16个文件，覆盖物种演化时间校准、生物地理重建、体型演化分析及分类有效性评估等核心研究内容，支撑古海洋变化对高移动性远洋海鸟分化驱动机制的探究。
文件详解
- 基因组与变异数据文件
- 文件名称：Shearwaters_minmac2_snps_filtered.vcf.gz、Shearwaters_minmac2_transitions_filtered.vcf.gz
- 文件格式：VCF.GZ
- 字段映射介绍：压缩格式的变异位点数据文件，包含过滤后的单核苷酸多态性（SNPs）及转换位点信息，用于系统发育分析和遗传分化评估
- 系统发育树文件
- 文件名称：snapp_fixtop_root_minmac2.tree、snapp_fixtop_allSNPs_root_minmac2.tree、snapp_nofixtop_root_minmac2.tree等6个.tree文件
- 文件格式：TREE
- 字段映射介绍：基于不同参数（固定拓扑/非固定拓扑、不同最小等位基因频率）构建的时间校准物种树，记录鹱科海鸟的演化关系与分化时间
- 分析配置文件
- 文件名称：snapp_fixtop_root_minmac2.xml、snapp_fixtop_calibs_root_minmac2.xml等6个.xml文件
- 文件格式：XML
- 字段映射介绍：系统发育分析工具（SNAPP）的参数配置文件，包含拓扑约束、校准点、数据路径等设置，用于重现物种树推断过程
- 其他分析结果文件
- 文件名称：Shearwaters_finestructure_minmac2.haps_chunks.out、Shearwaters_coevol.phy.gz
- 文件格式：OUT、PHY.GZ
- 字段映射介绍：群体结构分析输出文件（.out）及用于协同演化分析的系统发育数据文件（.phy.gz）
数据来源
论文“Paleoceanographic changes in the late Pliocene promoted rapid diversification in pelagic seabirds”补充信息
适用场景
- 海洋鸟类系统发育研究：利用时间校准物种树分析鹱科海鸟的演化关系与分化时间节点
- 古海洋变化与生物多样性关联分析：结合生物地理重建结果，探究上新世晚期古海洋变化对远洋海鸟分化的驱动机制
- 遗传分化与分类有效性评估：通过基因组变异数据验证当前鹱科海鸟分类体系的合理性
- 体型演化驱动因素分析：基于系统发育广义最小二乘法结果，研究鹱科海鸟体型与生活策略、环境条件的关联
- 海洋生物扩散机制研究：分析表面洋流对高移动性远洋海鸟扩散与建群事件的影响
