数据集概述
该数据集是《生物医学科学结构系统发育导论》配套的结构系统发育分析流程资源包，包含基于3Di字母表的结构系统发育分析所需的数据集和脚本，覆盖同源搜索、结构处理、比对、树构建等完整流程。
文件详解
数据集包含一个压缩文件，内部按分析流程划分为多个目录，具体如下：
- 文件名称: structuralphylogenetics.zip
- 文件格式: ZIP (.zip)
- 内部目录结构:
- query/: 同源搜索使用的查询结构坐标文件
- structures/: Foldseek搜索得到的命中结构坐标文件
- accessions/: 命中结构的登录号文件
- split/: 拆分为单个结构域的结构文件
- splitfilter/: 经确认与查询同源的拆分结构文件
- alignments/: 查询与splitfilter/结构的氨基酸及3Di比对文件
- trees/: IQ-TREE输出的树文件
- matrices/: IQ-TREE使用的3Di替代矩阵文件
- figures/: 树的图片文件
- scripts/: 流程各步骤使用的代码脚本
适用场景
- 生物信息学教学: 用于结构系统发育分析方法的实践教学
- 分子进化研究: 基于3Di字母表的蛋白质结构系统发育分析
- 同源结构分析: 蛋白质结构域同源性验证与结构比对研究
- 生物医学应用: 生物医学相关蛋白质家族的进化关系分析
