数据集概述
该数据集围绕兽脚类恐龙化石的尖端定年分析展开，对比不同尖端定年方法（如BEAST2）与传统后验时间校准方法（如cal3）的结果差异，探究其对系统发育拓扑结构、分化时间及宏进化推断（如体型演化模式）的影响，为古生物学研究提供多方法定年的对比数据支持。
文件详解
该数据集包含23个文件，主要类型及内容如下：
- 文档与说明文件:
- README.txt: 文本格式，数据集说明文档，介绍研究背景、文件组成及使用方法
- birdtreecomparison_03-07-16.pdf: PDF格式，鸟类树对比分析报告
- 代码与分析文件:
- birdtreecomparison_03-07-16.Rmd: R Markdown格式，分析代码文档
- figures_theropod_06-17-16.R: R脚本格式，绘图代码文件
- makeBEAST2_majRule_02-05-16.R: R脚本格式，BEAST2分析规则生成代码
- birdtree_workspace_03-07-2016.Rdata: R数据格式，分析工作空间文件
- 数据文件:
- mass_data_for_PCMs_BensonEtal14_10-27-14.txt: 文本格式，包含兽脚类恐龙体型数据，字段示例：TreeName（树名称）、mass1（体型数据，如Achillobator_giganticus对应451.3252891）
- timeList_sorted_asIs_theropods_DWB_11-05-14.txt: 文本格式，兽脚类恐龙时间列表数据
- 系统发育分析文件:
- B2noSA_treelog.nex: Nexus格式，BEAST2无SA分析的树日志文件
- MrBayesSA_100treeSample_burn03.nex: Nexus格式，MrBayes SA分析的100棵树样本文件（30%燃烧期后）
- MrBayesSA_majrule_burn03.nex: Nexus格式，MrBayes SA分析的多数规则共识树文件
- theropod_tree_LeeWorthy2011_RAXML_02-01-16.nex: Nexus格式，Lee&Worthy 2011年RAXML分析的兽脚类恐龙树文件
- B2noSA_inputFile.xml: XML格式，BEAST2无SA分析的输入参数文件
- B2SA_inputFile.xml: XML格式，BEAST2 SA分析的输入参数文件
适用场景
- 古生物学研究: 分析不同定年方法对恐龙系统发育树拓扑结构与分化时间的影响
- 宏进化分析: 探究尖端定年方法对体型演化等宏进化模式推断的影响
- 方法学对比: 对比贝叶斯尖端定年与传统后验时间校准方法的差异
- 系统发育模型选择: 研究定年模型与软件选择对演化推断结果的影响
