数据集概述
本数据集包含腹膜转移瘤活体肿瘤组织在水凝胶介导保存条件下的测序分析数据及代码，涵盖 bulk RNA 测序和单细胞 RNA 测序（scRNA seq）的结果文件与分析脚本，为研究水凝胶保存对肿瘤组织的影响及相关药物开发提供支持。
文件详解
该数据集包含两个子目录及14个文件，具体说明如下：
- bulk RNA seq 目录
- 分析代码文件：bulk RNA seq analysis code.R（.R格式），用于bulk RNA测序数据分析
- 基因集富集分析结果文件：
- GSEA_GOBP_HA-RGD-PQvsisoPQ_results.csv（.csv格式）：HA-RGD-PQ与isoPQ组的GOBP通路富集结果
- GSEA_GOBP_HA-RGD-PQvsPTFE_results.csv（.csv格式）：HA-RGD-PQ与PTFE组的GOBP通路富集结果
- GSEA_GOBP_HA-RGD-PQ3Dvs2D_results.csv（.csv格式）：HA-RGD-PQ 3D与2D培养组的GOBP通路富集结果
- scRNA seq 目录
- 分析代码文件：scRNA seq analysis code.R（.R格式），用于单细胞RNA测序数据分析
- 肿瘤标志物分析结果文件：
- Cancer_markers_PTFEvsoriginal_results.csv（.csv格式）：PTFE组与原始组的肿瘤标志物对比结果
- Cancer_markers_HAvsoriginal_results.csv（.csv格式）：HA组与原始组的肿瘤标志物对比结果
- Cancer_markers_Matrigelvsoriginal_results.csv（.csv格式）：Matrigel组与原始组的肿瘤标志物对比结果
- T细胞标志物分析结果文件：
- T_markers_HAvsoriginal_results.csv（.csv格式）：HA组与原始组的T细胞标志物对比结果
- T_markers_Matrigelvsoriginal_results.csv（.csv格式）：Matrigel组与原始组的T细胞标志物对比结果
- 细胞类型标记物文件：celltype_cluster_markers.csv（.csv格式）、immune cells_cluster_markers.csv（.csv格式），包含细胞类型及免疫细胞的聚类标记物
- 相似性分析通路文件：Pathways for similarity analysis.xlsx（.xlsx格式），用于相似性分析的通路数据
适用场景
- 肿瘤生物学研究：分析不同保存条件对腹膜转移瘤组织基因表达及细胞类型的影响
- 药物开发：评估水凝胶介导保存的肿瘤组织在药物筛选中的应用价值
- 转录组学分析：基于bulk RNA和scRNA测序数据开展基因通路富集、细胞亚群鉴定等研究
- 生物材料优化：对比不同生物材料（如HA、Matrigel、PTFE）对肿瘤组织保存效果的差异
