数据集概述
本数据集包含人类25个生物钟及相关基因的11.6万个单核苷酸多态性（SNPs）数据，源自1000Genomes Project，同时提供中性多态性参考数据集。数据用于研究生物钟基因的全球遗传结构、局部适应性及与环境变量的关联，涉及230个候选适应性SNPs及相关环境协变量分析。
文件详解
- 候选基因数据集文件
- 文件名称：
candidate.maf.005.ped、candidate.maf.005.bayenv、candidate_005.arp、candidate.maf.005、candidate.maf.005.map
- 格式：PED、BAYENV、ARP、纯文本、MAP
- 内容：候选生物钟基因的SNP基因型数据、群体分化分析输入文件、等位基因频率数据及基因定位信息
- 参考数据集文件
- 文件名称：
reference.maf.005、reference.maf.005.map、reference_thinned.map、reference.maf.005.bayenv、reference.maf.005.ped、reference_thinned.ped、reference_thinned.arp
- 格式：纯文本、MAP、BAYENV、PED、ARP
- 内容：中性多态性参考SNP数据、基因定位信息、群体结构分析输入文件及基因型数据
- 环境变量文件
- 文件名称：
EnvVar_phase3.env、EnvironmentalVariables_phase3.xlsx
- 格式：ENV、XLSX
- 内容：全球环境变量数据，用于分析SNP频率与环境因素的关联
数据来源
1000Genomes Project
适用场景
- 人类生物钟基因适应性研究：分析25个生物钟基因在全球人群中的遗传多样性及局部适应特征
- 群体遗传学分析：通过FST离群值检测和贝叶斯方法，探究生物钟基因的群体分化与环境适应机制
- 环境变量关联研究：利用环境协变量数据，解析SNP频率与纬度、光周期等环境因素的相关性
- 睡眠障碍遗传机制研究：验证适应性SNPs与睡眠时型、睡眠障碍等表型的关联，探索潜在遗传基础
- 进化生物学研究：对比生物钟基因与中性基因的遗传结构差异，揭示自然选择对生物钟系统的影响
