数据集概述
本数据集为硕士论文《温度对贝类分子响应的影响》中蟹类章节(第2章)的补充材料,包含7个文件,涉及蟹类转录组数据、差异表达基因注释、功能富集分析结果等分子生物学相关内容,支持论文中温度对蟹类分子响应影响的研究验证与补充说明。
文件详解
- contrast_temp-DAVID.txt
- 文件格式:TXT
- 字段映射介绍:包含GOTERM_BP_DIRECT等功能富集分析结果,字段有Category(类别)、Term(术语)、Count(数量)、%(占比)、PValue(P值)、Genes List(基因列表)、Total Pop(总群体)、Hits Pop(命中群体)、Total Fold Enrichment(总富集倍数)、Bonferroni、Benjamini、FDR等。
- cbai_transcriptome_v3.1.zip
- 文件格式:ZIP
- 内容说明:蟹类转录组数据压缩包
- DEGlist-contrasttemp-annot.txt
- 文件格式:TXT
- 内容说明:温度对比组差异表达基因注释列表
- DEGlist-infection_temp-annot.txt
- 文件格式:TXT
- 内容说明:感染与温度组差异表达基因注释列表
- transcriptome3.1-blast-GO.txt
- 文件格式:TXT
- 内容说明:转录组3.1版本的BLAST与GO注释结果
- stress-response-genes-tr3.1.txt
- 文件格式:TXT
- 内容说明:转录组3.1版本中的应激响应基因列表
- sample-list_pool-RNAseq.xlsx
- 文件格式:XLSX
- 内容说明:RNA测序实验的样本列表与分组信息
数据来源
MS Thesis "Impacts of temperature on the molecular response of shellfish" - Crab Chapter (Chapter 2)
适用场景
- 贝类分子生物学研究:分析温度对蟹类基因表达、转录组特征的影响机制
- 差异表达基因功能分析:利用DEG列表与GO富集结果,探究温度胁迫下蟹类的关键响应通路
- 转录组数据验证:通过cbai_transcriptome_v3.1.zip提供的转录组数据,支持相关基因功能的二次分析
- 实验设计参考:基于sample-list_pool-RNAseq.xlsx的样本分组信息,复现或优化RNA测序实验设计
- 应激响应基因筛选:通过stress-response-genes-tr3.1.txt识别蟹类应对温度应激的核心基因集