数据集概述
本数据集为论文“Drainage basins serve as multiple glacial refugia for alpine habitats in the Sierra Nevada Mountains, California”的配套数据，包含研究内华达山脉高山物种（Nebria ingens复合体）种群结构与冰川避难所关联的脚本、数据文件及分析结果，涉及基因序列、遗传变异、地理坐标等信息，用于验证流域作为冰川避难所对种群分化的影响。
文件详解
- 脚本文件（.sh、.r、.py、.xml）
- 变异检测与过滤：
stacks_ingens_final.sh（Shell脚本，用于基因变异检测）、snpunique.sh（Shell脚本，筛选独特SNP）
- 系统发育分析：
ingens_COI_beast.xml（XML配置文件，COI基因系统发育分析）、ingens_snapp_8samples.xml（XML配置文件，种群系统发育分析）
- 种群结构分析：
vcf2geno.R（R脚本，VCF转基因型数据）、Manteltest.r（R脚本， Mantel检验）、least_cost_dis.r（R脚本，最小成本距离分析）、dadi_Run_2D_ArmyMillys.py（Python脚本，种群动态模拟）
- 数据文件（.txt、.vcf.gz）
- 地理坐标数据：
coords_pop.txt（TXT格式，种群采样点经纬度）
- 基因型数据：
Nebria_ingens_ec_ip.vcf.gz（VCF.gz格式，SNP变异数据）、Nebria_ingens_non-imputed.vcf.gz（VCF.gz格式，未填充的SNP数据）
- 种群频率数据：
freq_pop.txt（TXT格式，等位基因频率）
- 文档文件（.md）
- 说明文档：
README.md（Markdown格式，数据集整体说明）
数据来源
论文“Drainage basins serve as multiple glacial refugia for alpine habitats in the Sierra Nevada Mountains, California”
适用场景
- 种群遗传学研究：分析Nebria ingens复合体的种群结构、遗传分化及基因流模式
- 冰川避难所验证：探讨内华达山脉流域作为高山物种冰川避难所的作用机制
- 生物地理学分析：结合地理坐标与遗传数据，研究物种分布与地理环境的关联
- 系统发育与进化研究：通过基因序列数据重建物种进化历史，揭示杂交事件等进化过程
- 比较 phylogeography 研究：解释不同物种对冰川作用响应的差异，完善生物地理理论
