数据集概述
本数据集是植物学研究论文“Ploidy determination and diploid phylogenetics from multiple targeted nuclear loci in circumpolar Silene sect. Physolychnis (Caryophyllaceae)”的补充材料，包含5个文件，涵盖分析脚本、样本凭证信息、探针设计数据及测序指标等内容，用于支持该研究的倍性测定与系统发育分析工作。
文件详解
- STACEY_42genes_56samples_genetreesremoved.xml
- 文件格式：XML
- 字段映射介绍：用于运行STACEY系统发育分析的输入文件，包含42个基因、56个样本的相关数据（已移除基因树信息）
- variants_count.sh
- 文件格式：SH
- 字段映射介绍：Python脚本文件，用于计算分相单倍型之间的遗传成对距离
- supplemental_material_Table_S1.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含样本凭证信息及样本重新鉴定数据
- supplemental_material_TABLE_S2_Probes48loci_ExonPos.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含48个基因座的探针信息及外显子-内含子边界数据
- supplemental_material_TABLE_S3_metrics.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含测序成功率等测序指标信息
数据来源
论文“Ploidy determination and diploid phylogenetics from multiple targeted nuclear loci in circumpolar Silene sect. Physolychnis (Caryophyllaceae)”
适用场景
- 植物系统发育分析: 利用XML文件运行STACEY分析，研究极地蝇子草属植物的系统发育关系
- 遗传距离计算: 使用Python脚本分析分相单倍型间的遗传成对距离，探究物种遗传多样性
- 样本管理与鉴定: 参考凭证信息表进行植物样本的追溯与重新鉴定，支持样本库管理
- 分子实验设计: 依据探针信息表优化靶向基因座的测序探针设计，指导分子实验
- 测序质量评估: 分析测序指标数据，评估实验的测序成功率与数据可靠性
