数据集概述
本数据集包含斯里兰卡陆生蜗牛Corilla(柄眼目:Corillidae科)的三个线粒体基因(CO1、ND1、16S rRNA)的四组串联序列比对数据,含插入缺失(indels),用于基于线粒体DNA的分类学研究,所有序列使用MAFFT v.7软件进行比对。
文件详解
该数据集包含四个FAS格式的序列比对文件,具体说明如下:
- 1_Corilla47seq.fas:FAS格式,含Corilla属42个样本及5个其他陆生蜗牛类群(Albinaria caerulea等)的CO1、ND1、16S rRNA串联比对序列,基因位置:CO1(1-459 bp,密码子位置2起始)、ND1(460-891 bp,密码子位置3起始)、16S(892-2166 bp)
- 2_Corilla45seq.fas:FAS格式,含Corilla属40个样本及5个其他陆生蜗牛类群的CO1、ND1、16S rRNA串联比对序列,基因位置:CO1(1-459 bp,密码子位置2起始)、ND1(460-891 bp,密码子位置3起始)、16S(892-2163 bp)
- 3_Corilla42seq.fas:FAS格式,含Corilla属42个样本的CO1、ND1、16S rRNA串联比对序列,基因位置:CO1(1-459 bp,密码子位置2起始)、ND1(460-899 bp,密码子位置3起始)、16S(900-1361 bp)
- 4_Corilla40seq.fas:FAS格式,含Corilla属40个样本的CO1、ND1、16S rRNA串联比对序列,基因位置:CO1(1-459 bp,密码子位置2起始)、ND1(460-899 bp,密码子位置3起始)、16S(900-1360 bp)
适用场景
- 软体动物分类学研究:基于线粒体DNA序列验证Corilla属的贝壳形态分类系统
- 分子系统发育分析:构建Corilla属及近缘类群的系统发育树
- 种群遗传学研究:分析Corilla属不同样本的遗传多样性与亲缘关系
- 生物信息学方法验证:测试线粒体基因串联比对在陆生蜗牛分类中的应用效果