数据集概述
本数据集为Cika牛（濒危地方混合品种）遗传背景恢复研究的支撑数据，包含76头Cika牛及14个参考群体531头个体的全基因组SNP芯片分析结果，采用四标记单倍型避免芯片偏倚，结合系谱与表型数据识别低混合度纯种个体，支持该品种遗传多样性、种群历史及混合程度的无偏估计。
文件详解
- README文件
- 文件名称：README_for_Simcic_et_al_2015_S1_Dataset.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：说明数据集关联的研究背景、数据处理方法（如SNP过滤标准：call rate 0.95、MAF 0.025，移除未定位 contig 及X染色体SNP）及文件内容说明。
- 压缩数据文件
- 文件名称：Simcic_et_al_2015_S1_Dataset.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含TreeMix格式的等位基因计数文件（Simcic_et_al_AlleleCounts_TreeMix.TxT）及单倍型基因型数据文件，支持遗传距离、系统发育及混合分析。
数据来源
论文“Recovery of native genetic background in admixed Populations Using haplotypes, phenotypes, and pedigree information – using Cika cattle as a case breed”
适用场景
- 濒危地方牛种遗传保护: 识别Cika牛中低混合度纯种个体，作为原生遗传背景恢复的核心种群。
- 动物种群遗传学研究: 分析Cika牛的遗传多样性、种群历史及与参考群体的系统发育关系。
- 混合群体遗传结构解析: 利用单倍型数据无偏估计混合程度，优化地方品种保护策略。
- 遗传标记开发应用: 基于SNP芯片数据筛选高信息标记，支撑牛种遗传鉴定与育种应用。
