数据集概述
该数据集为spacexr Galaxy包装器测试数据,包含27个文件,涉及细胞、基因相关生物医学内容,涵盖表格数据、R语言数据文件、PDF文档及R代码等多种类型,为测试相关工具或流程提供数据支持。
文件详解
- 表格数据文件(.tabular格式,共6个):
- metadata.tabular:元数据表格
- coords.tabular:坐标数据表格
- barcodes.tabular:条形码数据表格
- sc_count.tabular:单细胞计数数据表格
- st_count.tabular:空间转录组计数数据表格
- de_genes_Astrocytes_two_regions:无扩展名表格,含星形胶质细胞两区域差异基因数据
- R语言数据文件(.rds格式,共5个):
- rds_doublet.rds: doublet相关R数据文件
- cside.rds:cside相关R数据文件
- myRCTD_merfish.rds:RCTD与merfish相关R数据文件
- rds_multi.rds:多组学相关R数据文件
- PDF文档(.rds格式,共14个):
- all_cell_types_d.pdf:细胞类型相关PDF文档
- all_doublets_type_d.pdf:doublet类型相关PDF文档
- nUMI_plot.pdf:UMI计数绘图PDF文档
- cell_type_weights_doublets_d.pdf:doublet细胞类型权重PDF文档
- cell_type_weights_unthreshold_d.pdf:未阈值化细胞类型权重PDF文档
- 代码文件(.r格式,共1个):
- doublet.R:doublet分析相关R代码文件
适用场景
- 生物信息学工具测试:用于spacexr Galaxy包装器功能测试与验证
- 单细胞数据分析:支持细胞计数、基因表达等相关分析场景
- 空间转录组研究:可用于空间转录组数据处理流程测试
- 生物医学数据可视化:基于PDF文档探索细胞类型、基因表达等可视化结果
- R语言数据分析流程验证:通过R代码与数据文件验证相关分析逻辑