数据集概述
本数据集为阿巴拉契亚快速碎片化景观中铜头蛇（Agkistrodon contortrix）的种群基因组空间分析数据，包含2140个SNP位点信息、样本位置、景观变量（道路、采矿区、溪流等）及空间遗传分析结果，共38个文件，用于研究基因流的时间滞后效应与历史屏障。
文件详解
- 文本数据文件（.txt）
- 示例文件：GDM-2.txt、sample_locations-2.txt、ln_distance.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射：包含SNP遗传距离数据、样本地理位置信息、景观要素距离统计等
- 地理信息系统文件（.tif/.tfw/.ovr/.aux.xml）
- 示例文件：mines.tif、oldroads.tif、newroads.tif
- 文件格式：TIFF/TFW/OVR/XML
- 字段映射：存储景观要素空间图层（采矿区、新旧道路）及坐标、元数据信息
- 种群遗传数据文件（.map/.ped）
- 示例文件：data.map、data.ped
- 文件格式：MAP/PED
- 字段映射：包含SNP位点信息及样本基因型数据
- 文档文件
- 示例文件：Input_File_Guide.docx
- 文件格式：DOCX
- 字段映射：数据集文件说明文档
- 其他数据文件
- 示例文件：spca_data.gtx、sPCA_60neighbors.tiff
- 文件格式：GTX/TIFF
- 字段映射：空间主成分分析结果数据
数据来源
论文“A spatial genomic approach identifies time lags and historic barriers to gene flow in a rapidly fragmenting Appalachian landscape”
适用场景
- 景观遗传学研究：分析碎片化景观对铜头蛇基因流的影响及历史屏障作用
- 种群基因组空间分析：利用SNP数据与空间模型量化种群遗传结构
- 保护生物学应用：评估道路、采矿等人类活动对物种基因交流的长期影响
- 生物信息学方法验证：测试SNP数据量与缺失值阈值对空间遗传模式检测的影响
- 地理信息系统整合：结合景观变量图层开展遗传-环境关联分析
