数据集概述
本数据集为濒危物种南澳小鲈（Nannoperca australis）的河流景观基因组学研究数据，包含5162个高质量过滤单核苷酸多态性位点（SNPs）及高分辨率环境数据，用于分析墨累-达令河流域水文气候梯度和人类干扰下的适应性遗传变异。数据集含5个文件，涵盖基因组参考序列、种群结构数据、环境参数及补充表格等内容。
文件详解
- README_for_SPPLG_Env.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含环境数据的附加元数据说明，提供环境数据访问链接
- Table_S8-S11.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：研究相关的补充表格数据（具体内容未详细说明）
- SPP5162_reference.fasta
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：南澳小鲈基因组参考序列文件，含5162个位点的序列信息
- SPPLG_263_5162.stru
- 文件格式：STRU
- 字段映射介绍：种群结构数据文件，记录263个样本在5162个位点的基因型信息
- SPPLG_Env.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：环境参数数据文件，包含LOC（位点）、MDS坐标、斯特拉勒溪流等级、海拔、坡度、径流、温度等水文气候变量字段
数据来源
论文“Riverscape genomics of a threatened fish across a hydroclimatically heterogeneous river basin”
适用场景
- 濒危鱼类适应性进化研究：分析南澳小鲈在水文气候梯度下的适应性遗传变异模式
- 河流景观基因组学方法验证：测试复杂环境中选择信号检测及基因型-环境关联分析的有效性
- 保护遗传学应用：为南澳小鲈的就地保护和迁地保护提供基因组学依据
- 人类干扰对河流生物影响评估：研究人类活动对濒危鱼类遗传多样性的局部尺度影响
- 生态基因组学教学案例：作为景观基因组学研究的实践教学数据资源
