数据集概述
本数据集为伊比利亚特有濒危鲤科鱼类（Squalius pyrenaicus）繁殖相关器官的从头组装转录组数据，包含雌雄个体脑和性腺组织的转录组序列、基因注释及GO功能注释信息，可用于研究该物种性别决定机制、繁殖相关基因功能及进化特征，为濒危物种保护提供基因组资源支持。
文件详解
- 非冗余转录本序列文件
- 文件名称：pp_contigs_nonRedudant.fa.bz2
- 文件格式：BZ2压缩的FASTA
- 字段映射介绍：包含Squalius pyrenaicus繁殖器官转录组的非冗余contig序列
- 转录本CDS序列文件
- 文件名称：pp_contigs_nonRedudant_transdecoder_cds_nonRedudant.fa.bz2
- 文件格式：BZ2压缩的FASTA
- 字段映射介绍：包含通过TransDecoder预测的非冗余编码序列（CDS）
- 转录本基因ID注释表
- 文件名称：tabela_anotacao_contigs_blast_geneID_1.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含转录本的BLAST比对结果及对应的基因ID注释信息
- 转录组基因ID注释表
- 文件名称：tabela_anotacao_contigs_blast_geneID_transcriptome_1.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含转录组水平的BLAST比对结果及基因ID注释信息
- GO功能注释表
- 文件名称：tabela_anotacao_go_1.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含转录本的基因本体（GO）功能注释信息
数据来源
Genomic Resources Notes期刊论文“De novo assembled transcriptome of organs involved in reproduction in an endangered endemic Iberian cyprinid fish (Squalius pyrenaicus)”
适用场景
- 濒危鱼类繁殖机制研究：分析Squalius pyrenaicus繁殖相关器官的基因表达及功能，探究性别决定与繁殖调控机制
- 物种进化特征分析：通过转录组数据研究该特有鱼类的进化适应性及与其他鲤科鱼类的亲缘关系
- 保护基因组学应用：基于转录组注释信息筛选濒危物种保护相关的分子标记，支持种群遗传监测与保护策略制定
- 基因功能注释验证：利用GO注释表分析繁殖相关基因的生物学功能分类，补充鱼类繁殖基因数据库
- 转录组组装方法评估：以非冗余转录本序列为基础，评估濒危鱼类转录组从头组装的完整性与准确性
