数据集概述
本数据集为SSAM-lite工具提供测试用的空间转录组数据，包含来自不同研究的样本数据。每个数据集文件夹内有mRNA位置文件、基因特征文件、细胞类型调色板文件及说明文档，覆盖小鼠脑体感皮层、人胰腺等组织的空间转录组数据，用于工具功能验证与使用演示。
文件详解
- 压缩包文件：
- 文件名称：SSAM-lite_test_data.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容说明：包含多个数据集文件夹，每个文件夹内的文件结构为：
- mRNA位置文件：CSV格式，遵循Starfish pipeline的DecodedSpots格式，含mRNA靶标、x坐标、y坐标字段
- 基因特征文件：CSV格式，行代表细胞类型，列代表基因，数值或二进制值关联mRNA表达与细胞类型
- 细胞类型调色板文件：CSV格式，定义细胞类型对应的自定义颜色
- README文件：参考原始出版物信息及数据集规格说明
- 数据集规格示例：
- Codeluppi_osmFISH：方法osmFISH，组织为小鼠脑体感皮层，mRNA斑点1802589个，基因33个，特征对应31种细胞类型，DOI：10.1038/s41592-018-0175-z
- Tosti_ISS_Pancreas：方法ISS，组织为人胰腺，mRNA斑点461078个，基因138个，特征对应16种细胞类型，DOI：10.1053/j.gastro.2020.11.010
数据来源
不同公开出版物（具体见各数据集README中的原始出版物引用）
适用场景
- SSAM-lite工具功能测试：验证工具对空间转录组数据的处理、分析能力
- 空间转录组数据分析流程演示：作为示例数据展示空间转录组数据的结构与分析方法
- 生物信息工具开发参考：为空间转录组相关工具的开发提供标准化测试数据模板
- 教学与培训：用于空间转录组分析工具的使用教学，帮助用户熟悉数据格式与分析流程
- 跨组织空间转录组数据对比：通过不同组织（小鼠脑、人胰腺）的测试数据，对比空间转录组特征差异
