数据集概述
本数据集为条纹鲈（Morone saxatilis）种群基因组结构研究数据，覆盖从加拿大圣劳伦斯湾到美国开普菲尔河的15个采样点，包含477个样本的1256个SNP位点信息。数据揭示了加拿大与美国种群的遗传分化、混合模式及适应性特征，为该物种的跨境管理提供依据。共含6个文件，涉及遗传距离、位点编码、种群结构等多类型数据。
文件详解
- 文件名称：
Distances.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：可能包含不同采样点或种群间的遗传距离矩阵数据，用于分析种群分化程度。
- 文件名称：
loci_codes.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含Locus ID（位点编号）、Chr（染色体）、BP（碱基对位置）、Col（列号）等SNP位点的编码及位置信息。
- 文件名称：
structure_stripedbass_neutralLoci_noSibs.str
- 文件格式：STR
- 字段映射介绍：用于种群结构分析的输入文件，基于中性SNP位点且排除同胞样本。
- 文件名称：
structure_stripedbass_allLoci_noSibs.str
- 文件格式：STR
- 字段映射介绍：用于种群结构分析的输入文件，包含所有SNP位点且排除同胞样本。
- 文件名称：
batch_1.MiraOnlyNT80.fa
- 文件格式：FA
- 字段映射介绍：可能为Mira River样本的序列数据，NT80可能表示序列相似性阈值。
- 文件名称：
genepop_stripedbass_allLoci_noSibs.gen
- 文件格式：GEN
- 字段映射介绍：符合Genepop格式的种群遗传学数据文件，包含所有SNP位点且排除同胞样本。
数据来源
论文“Genomic population structure of striped bass (Morone saxatilis) from the Gulf of St. Lawrence to Cape Fear River”
适用场景
- 种群遗传学研究：分析条纹鲈不同地理种群的遗传结构、分化程度及基因流模式。
- 生物地理学分析：探讨条纹鲈在大西洋海岸的分布动态及适应性进化特征。
- 渔业资源管理：为条纹鲈的跨境保护、种群恢复及渔业可持续发展提供遗传依据。
- 分子标记开发：利用SNP位点信息开发物种特异性分子标记，用于种群鉴定与溯源。
- 进化生物学研究：揭示环境因素对条纹鲈种群遗传多样性的影响机制。
