数据集概述
本数据集包含螺旋体四环素耐药相关突变分析的补充材料，涉及16S rRNA、rpsC、rpsJ基因座的多序列比对文件、4张补充表格及分析脚本，用于确保研究可复现性，支持螺旋体目抗生素耐药性进一步研究，共9个文件。
文件详解
- 补充表格文件
- 文件名称：Supplementary_Table_1.xlsx、Supplementary_Table_2.xlsx、Supplementary_Table_3.xlsx、Supplementary_Table_4.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含螺旋体四环素耐药相关突变分析的结构化数据，具体字段未明确说明，推测涉及基因组信息、耐药突变位点、基因座注释等研究相关统计内容。
- 多序列比对文件
- 文件名称：Supplementary_File_1a_16SrRNA_NCBI.fasta、Supplementary_File_1b_16SrRNA_pubMLST.fasta、Supplementary_File_2_rpsJ_V57.fasta、Supplementary_File_3_rpsC.fasta
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：包含16S rRNA（NCBI及pubMLST来源）、rpsC、rpsJ基因座的多序列比对序列数据，用于耐药相关基因的序列分析。
- 分析脚本文件
- 文件名称：scripts.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含自定义Bash脚本，用于rRNA基因检测与定量（Barrnap）、基因组质量评估（CheckM）、cgMLST提取（chewBBACA）、GFF合并及rRNA拷贝数统计等分析步骤，确保研究可复现。
数据来源
论文“Putative mutations associated with tetracycline resistance detected in Treponema spp.- an analysis of 4,355 Spirochaetales genomes”
适用场景
- 螺旋体四环素耐药机制研究: 利用多序列比对文件和补充表格，分析Treponema spp.中耐药相关突变位点的分布与功能。
- 微生物基因组分析方法复现: 通过scripts.txt中的自定义脚本，复现rRNA检测、基因组质量评估、cgMLST提取等分析流程。
- 抗生素耐药性基因组学研究: 支持螺旋体目抗生素耐药性的进一步基因组学分析与验证。
- 基因序列比对与注释: 利用FASTA格式的多序列比对文件，开展16S rRNA、rpsC、rpsJ等基因座的序列特征研究。
