数据集概述
本数据集为研究胎盘哺乳动物褪黑素合成与信号通路平行退化的基因组证据补充材料，包含相关基因的系统发育树、选择压力分析模型及失活突变验证数据，支持对AANAT、ASMT、MTNR1A、MTNR1B基因功能演化的研究。
文件详解
- 补充图表文件（PDF格式）：18个PDF文件，涵盖PAML选择压力分析模型（如Supplementary_Figure_S1.pdf对应AANAT的PAML主模型）、RAxML基因树（如Supplementary_Figure_S5.pdf为AANAT基因树）及基因失活验证数据（如Supplementary_Figure_S8.pdf展示鲸类MTNR1A外显子2失活证据）。
- 补充表格文件（XLSX格式）：13个Excel文件，包括物种基因信息（如Supplementary_Table_S1.xlsx为研究物种及基因来源列表）、基因功能状态（如Supplementary_Table_S2.xlsx记录AANAT的登录号与功能）、选择压力分析结果（如Supplementary_Table_S7.xlsx为AANAT的PAML分析结果）。
- 补充数据集文件（TXT格式）：9个文本文件，包含基因组序列比对（如Supplementary_Dataset_S1.txt为FASTA格式的基因比对）、系统发育分析用序列（如Supplementary_Dataset_S2.txt为AANAT的PHYLIP格式比对）及PAML分析用树拓扑结构（如Supplementary_Dataset_S9.txt为NEWICK格式的树文件）。
适用场景
- 分子演化研究：分析胎盘哺乳动物褪黑素相关基因的选择压力与功能退化模式
- 比较基因组学：探究不同类群（如鲸类、海牛目）中褪黑素基因的失活机制
- 系统发育分析：基于基因序列重建褪黑素相关基因的演化关系
- 功能基因组学：验证特定物种中褪黑素基因的假基因化或功能保留状态
