数据集概述
本数据集为论文《分子进化速率揭示胎盘类生活史特征的自然历史及白垩纪-古近纪灭绝后的夜行瓶颈》的源数据，包含基因序列比对、进化树、分支长度矩阵、祖先状态等多类型文件，支持胎盘类分子进化与物种历史的研究。
文件详解
- 文本文件（.txt）：共4个，包括分支效应数据（BranchEffects.txt）、分支长度矩阵（branch_length_matrix.txt）、单拷贝基因列表（SingleCopyGenes_mammal6366.txt）、基因分支互作矩阵（gene_branch_interaction_matrix.txt），存储数值矩阵与基因信息
- 压缩文件（.zip）：共4个，包括氨基酸序列比对（AlignmentAminoAcid.zip）、密码子序列比对（AlignmentCodon.zip）、物种树构建用RaxML树（829TreesByRaxML_for_Species_Tree.zip）、不同模型时间树（TimeTrees_by_different_model_data.zip），为序列与进化树的归档文件
- Excel文件（.xlsx）：共2个，包括基因汇总数据（GeneSum.xlsx）、基因组速率祖先状态（GenomicRate_AncestorStates.xlsx），存储基因统计与祖先状态数据
- 进化树文件（.tre）：共2个，包括替代物种树时间树速率（AlternativeSpeciesTree_Timetree_Rate.tre）、分支长度树（branch_length_tree.tre），存储进化树结构
- 数据文件（.dat）：mam.dat，可能为物种或基因相关的结构化数据
- PDF文件（.pdf）：annotation_of_branch_labels.pdf，分支标签注释文档
适用场景
- 进化生物学研究：分析胎盘类分子进化速率与物种分化历史
- 古生物灭绝事件研究：探究白垩纪-古近纪灭绝后胎盘类的夜行瓶颈假说
- 分子进化模型验证：比较不同模型（如LG、Codon、JC69）对进化速率的影响
- 基因组学分析：研究单拷贝基因与分支长度的关联及祖先状态重建
