数据集概述
本数据集围绕额颞叶痴呆（FTD）与肌萎缩侧索硬化症（ALS）中TDP-43核缺失引发的选择性多聚腺苷酸化（APA）变化展开，包含实验检测的基因APA变化数据、患者信息及相关实验材料与代码，为研究TDP-43病理机制提供支持。
文件详解
- 补充材料压缩包：
- Supplementary_data_S1_plasmid_maps.zip：压缩文件，可能包含实验所用质粒图谱的补充数据
- Code_for_Figures.zip：压缩文件，可能包含生成研究图表的代码文件
- 实验数据表格（CSV格式）：
- Table_S1_APA_changes_detected_in_Liu_et_al_2019.csv：记录Liu等2019年研究中检测到的APA变化数据
- Table_S2_TDP-43_knockdown_induced_APA_changes_detected_by_RNA-seq.csv：通过RNA-seq检测TDP-43敲低诱导的APA变化数据，含基因ID、名称及变化指标
- Table_S3_TDP-43_knockdown_induced_APA_changes_detected_by_3end-seq.csv：通过3端测序检测TDP-43敲低诱导的APA变化数据，字段包括gene_id、gene_name、PAS_ID、PAS位置、对照组与处理组PAS使用率、变化值及校正P值等
- Table_S4_Genes_with_significant_APA_changes_upon_TDP-43_knockdown_detected_by_3end-seq.csv：TDP-43敲低后发生显著APA变化的基因数据，含APA方向、PAS位点变化及远端PAS使用变化等字段
- Table_S5_APA_changes_in_FTD_and_ALS_related_genes.csv：额颞叶痴呆与肌萎缩侧索硬化症相关基因的APA变化数据
- Table_S6_genes_with_coupled_splicing_polyadenylation.csv：同时发生剪接与多聚腺苷酸化偶联变化的基因列表
- Table_S7_list_of_primers_for_qRT-PCR.csv：qRT-PCR实验所用引物列表
- 患者数据表格（XLSX格式）：
- Table_S8_summary_of_patient_data.xlsx：患者数据汇总表，包含患者基本信息等内容
适用场景
- 神经退行性疾病机制研究：分析TDP-43核缺失对选择性多聚腺苷酸化的影响及相关病理机制
- 基因表达调控研究：探究选择性多聚腺苷酸化与RNA剪接的偶联关系
- 疾病相关基因功能分析：研究额颞叶痴呆与肌萎缩侧索硬化症相关基因的APA变化特征
- 实验验证支持：为qRT-PCR等实验提供引物序列及患者数据参考
- 生物信息学方法应用：基于测序数据开发或验证APA变化检测算法
