数据集概述
本数据集记录了用于研究Triturus蝾螈平衡致死系统比较基因组学的生物信息学流程,包含连锁图谱、目标捕获序列、原始数据关联信息及分模块研究内容压缩包,支持对该特殊遗传系统的进化机制分析,共含4个核心文件。
文件详解
- 文件名称:Triturus and Lissotriton Linkage Maps.xlsx
- 文件格式:XLSX
- 字段映射介绍:提供Triturus和Lissotriton属蝾螈的连锁图谱数据,支持基因组结构比较分析
- 文件名称:triturusTargetsV1Oneliners_7139unique.fasta
- 文件格式:FASTA
- 字段映射介绍:包含研究中捕获的所有目标序列,共7139条唯一序列,用于靶向基因分析
- 文件名称:TruSeq2-PE_trimmomatic.fa
- 文件格式:FA
- 字段映射介绍:经过Trimmomatic处理的TruSeq2双端测序数据,用于后续序列比对与变异检测
- 文件名称:Triturus_Lethal_Evolution-1.00.zip
- 文件格式:ZIP
- 字段映射介绍:压缩包内含6个研究分模块文件夹,每个文件夹均配有详细说明文档,涵盖完整分析流程相关文件
数据来源
原始数据:NCBI BioProject PRJNA1175462;关联出版物:BioRxiv(DOI:10.1101/2024.10.29.620207)
适用场景
- 蝾螈平衡致死系统遗传机制研究:通过连锁图谱和目标序列分析该特殊遗传系统的分子基础
- 比较基因组学分析:对比Triturus与Lissotriton属的基因组结构差异,探究进化关系
- 生物信息学流程复现:基于提供的分析模块和软件清单,复现平衡致死系统的基因组学研究流程
- 遗传进化数据库构建:整合原始测序数据与分析结果,支撑蝾螈类物种遗传资源库建设