数据集概述
本数据集为佩里戈尔黑松露（Tuber melanosporum Vittad.）的全基因组单核苷酸多态性（SNP）调查数据，通过Illumina高通量重测序技术对6个地理来源的菌株基因组进行测序分析，识别出442326个核心基因组SNP，包含重复序列及编码区的SNP分布，为该真菌的群体遗传学和基因组学研究提供资源。
文件详解
- 系统发育分析文件
- 文件名称：
Tuber_melanosporum_Tree_Beast.xml、Tuber_melanosporum_Tree_Beast.nexus、Tuber_melanosporum_ML.tree
- 文件格式：XML、NEXUS、TREE
- 字段映射介绍：包含用于系统发育分析的输入配置（XML）、数据格式（NEXUS）及最大似然法构建的系统发育树（TREE），支持黑松露地理菌株的亲缘关系研究。
- SNP资源文件
- 文件名称：
Tuber_melanosporum_442326SNPs_resource.gff、Tuber_melanosporum_60507SNPs_resource.gff
- 文件格式：GFF
- 字段映射介绍：分别记录全基因组442326个核心SNP及60507个特定SNP的位置信息，包括染色体、基因区域分布等注释内容。
- 基因注释文件
- 文件名称：
Tuber_melanosporum_genes_v1_2.gff
- 文件格式：GFF
- 字段映射介绍：包含黑松露基因组v1.2版本的基因结构注释信息，如基因位置、外显子/内含子分布等，为SNP功能注释提供参考。
数据来源
论文“A survey of genome-wide single nucleotide polymorphisms through genome re-sequencing in the Périgord black truffle (Tuber melanosporum Vittad.)”
适用场景
- 群体遗传学研究：分析黑松露不同地理种群的遗传多样性、种群结构及基因流模式。
- 基因组选择分析：利用SNP数据识别受正选择或纯化选择的基因组区域及功能基因。
- 分子标记开发：基于编码区SNP开发黑松露品种鉴定或亲缘关系分析的分子标记。
- 系统发育分析：通过系统发育树文件研究黑松露地理菌株的进化关系及起源。
- 基因功能注释：结合基因GFF文件解析SNP在编码区的分布及对基因功能的潜在影响。
