数据集概述
本数据集支持全球龟类系统发育研究，包含80%龟类物种（591个体）的分子数据及分析结果，聚焦始新世-渐新世过渡期大陆边缘气候关联的多样化爆发。数据集含系统发育树、分歧时间分析文件、生物地理学模型代码等12个文件，用于验证气候与生物地理对龟类多样性的影响。
文件详解
- 系统发育树文件（.tre/.tree）
- 文件名称：turtle.con.tre、turtle.mcc.tre、bd.mcc.median_heights.tre、sampleFromPosterior.100.tre、TESSInput.tre、GeoHISSEInput.tree
- 文件格式：.tre、.tree
- 字段映射介绍：包含龟类系统发育分析的核心树结构，如多数规则共识树（turtle.con.tre）、最大分支可信度树（turtle.mcc.tre）、分歧时间分析结果树（bd.mcc.median_heights.tre）等，记录物种分支关系与时间节点
- 分子数据与输入文件（.nex/.xml）
- 文件名称：turtle.nex、turtle.288.bd.xml、GeoHiSSEInput.turtles_coast1_both0_not2.final.nex
- 文件格式：.nex、.xml
- 字段映射介绍：turtle.nex为593个体的完整数据矩阵；turtle.288.bd.xml为单物种单个体的简化数据集（用于分歧时间分析）；GeoHiSSEInput.nex为生物地理学模型输入文件
- 分析代码文件（.R）
- 文件名称：GeoHiSSE.final_analyses.R、turtles_CoMET.R
- 文件格式：.R
- 字段映射介绍：包含GeoHiSSE生物地理学模型、CoMET分析的执行代码，用于复现龟类多样化与气候关联的分析流程
- 说明文件（.txt）
- 文件名称：ReadMe.txt
- 文件格式：.txt
- 字段映射介绍：数据集内容概述与文件说明
数据来源
论文“A global phylogeny of turtles reveals a burst of climate-associated diversification on continental margins”
适用场景
- 龟类系统发育研究：利用系统发育树分析龟类物种的演化关系与分类地位
- 生物地理学分析：通过GeoHiSSE模型探究龟类多样化与大陆边缘栖息地的关联
- 气候驱动演化研究：验证始新世-渐新世气候冷却对龟类物种形成的影响机制
- 分歧时间估算：基于简化数据集（turtle.288.bd.xml）复现龟类关键演化节点的时间校准
- 进化模型验证：对比不同生物地理学模型（如CoMET）的拟合效果，解析龟类多样性维持机制
