数据集概述
本数据集包含欧洲白榆（Ulmus minor）转录组大规模测序结果，涵盖转录组序列、功能注释及多态性分析数据。通过对不同抗荷兰榆树病（DED）水平的基因型进行测序，获得58,429个假定单基因（unigenes），并鉴定出30,693个多态性位点（含27,359个SNPs），为榆树分子研究提供工具。
文件详解
- 冗余序列信息文件：
- 文件名称：Ulmus_minor_INFO_redundant_sequences.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：记录欧洲白榆转录组中的冗余序列信息
- 单基因信息文件：
- 文件名称：Ulmus_minor_INFO_unigenes.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含58,429个假定单基因的基础信息
- 真菌转录本序列文件：
- 文件名称：Fungus_transcripts.fasta
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：存储与荷兰榆树病相关的真菌转录本序列
- 基因本体（GO）注释文件：
- 文件名称：Ulmus_minor_GO_annotation_unigenes.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：对欧洲白榆单基因进行GO功能注释的结果
- KEGG通路注释文件：
- 文件名称：Ulmus_minor_KEEG_annotation_unigenes.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：单基因的KEGG代谢通路注释信息
- 多态性鉴定文件：
- 文件名称：Ulmus_minor_POLYMORPHISM_identification.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：记录7,125个同位转录本中的30,693个多态性位点（含SNPs）
- 转录组序列文件：
- 文件名称：Ulmus_minor_transcriptome.fasta
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：欧洲白榆转录组的原始测序序列
数据来源
论文“Massive sequencing of Ulmus minor's transcriptome provides new molecular tools for a genus under the constant threat of Dutch elm disease”
适用场景
- 榆树抗病分子机制研究：分析不同抗DED基因型的基因表达差异，挖掘抗病相关基因
- 分子标记开发与应用：利用鉴定的SNPs开发分子标记，支持榆树育种和遗传多样性分析
- 功能基因组学研究：通过GO、KEGG注释解析欧洲白榆基因功能及代谢通路
- 种群基因组学分析：基于转录组数据开展榆树种群结构、基因流及适应性进化研究
- 比较转录组学：与其他榆树属物种或植物抗病转录组数据进行比较，揭示抗病共性机制
