数据集概述
本数据集为论文“VerteBrain reveals novel neural and non-neural protein assemblies conserved across vertebrate evolution”的配套支持数据，包含蛋白质洗脱谱、相互作用评分、复合物聚类、免疫沉淀质谱结果等多类型文件，覆盖脊椎动物进化保守的蛋白质组装研究相关信息。
文件详解
- 生物资源摘要表
- 文件名称：TableS1_resources_summary.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：论文表S1对应的生物资源摘要信息
- 洗脱谱数据文件
- 文件名称：TableS2_All_elutions_35exps_psm_verNOG.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：9259个verNOG直系同源组在35次实验中的肽段谱匹配洗脱谱数据
- 蛋白质相互作用评分文件
- 文件名称：TableS3_VerteBrain_scored_interactions_fdr8_annotated.tsv
- 文件格式：TSV
- 字段映射介绍：FDR阈值8%以上的VerteBrain蛋白质相互作用对评分及注释信息
- 蛋白质复合物聚类文件
- 文件名称：TableS4_VerterBrain_clustering_fdr8_annotated.tsv
- 文件格式：TSV
- 字段映射介绍：VerteBrain蛋白质邻域聚类结果（复合物信息）
- 免疫沉淀质谱结果摘要
- 文件名称：TableS5_IPMSresults.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：免疫沉淀质谱实验结果的汇总信息
- verNOG参考集文件
- 文件名称：VerNOG_annotated_human.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：带有人基因注释的verNOG直系同源组参考集
- 分类器特征矩阵文件
- 文件名称：featmat_35exps
- 文件格式：未明确
- 字段映射介绍：VerteBrain完整分类器特征矩阵
- 分类器关键特征文件
- 文件名称：VerteBrain_top70_features.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：VerteBrain分类器的前70个关键特征
- GOCC AUROC结果文件
- 文件名称：GOCC_AUROC_results.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：细胞组分基因本体（GOCC）的AUROC网络结果
- 斑马鱼细胞体积计数文件
- 文件名称：5dpf_vcVolumes.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：5天龄斑马鱼（5dpf）空泡细胞体积计数数据
数据来源
论文“VerteBrain reveals novel neural and non-neural protein assemblies conserved across vertebrate evolution”、Zenodo
适用场景
- 蛋白质组学研究: 分析脊椎动物进化中保守的蛋白质组装及相互作用模式
- 生物信息学分析: 利用蛋白质相互作用评分与聚类数据构建蛋白质复合物模型
- 进化生物学研究: 探究神经与非神经蛋白质组装在脊椎动物进化中的保守性
- 质谱数据分析: 基于洗脱谱与免疫沉淀结果开展蛋白质组学实验验证
- 斑马鱼发育研究: 分析5天龄斑马鱼空泡细胞体积变化与蛋白质功能的关联
- 生物信息学模型训练: 利用分类器特征矩阵开发蛋白质相互作用预测模型
