数据集概述
本数据集为Vinchira-Villarraga等2024年研究的配套数据，包含四种树木（Ash、Cherry、Horse-chestnut、Oak）木材提取物在不同提取条件下的代谢谱与抗菌活性相关文件，涵盖质谱预处理脚本、代谢物分析数据、定量矩阵及丰度矩阵等，共39个文件，支持树木提取物的化学分析与抗菌活性研究。
文件详解
- 按文件类型分类：
- CSV文件（20个）：包括_quant.csv（MzMine原始输出矩阵，未过滤噪声等特征）、_abundance.csv（过滤后输出矩阵）、分类文件（如C6_classification.csv含分子公式、分类信息）、元数据文件（如H2_Metadata.csv含处理条件等信息）
- MGF文件（8个）：_SIRIUS.mgf文件（用于SIRIUS 5.0的质谱数据，支持化学公式预测等分析）
- TXT文件（5个）：元数据文件（如C6_Metadata.txt含处理条件、抗菌活性等信息）
- XML文件（5个）：_batch.xml文件（MzMine 3.2.8创建的质谱预处理脚本，可上传至新版本但部分参数名称可能变更）
- R文件（1个）：Richness_Diversity_Upset plots_scripts.R（用于绘制丰富度、多样性及Upset图的脚本）
- 按树木类型分类：
- Ash对应A1标识文件、Cherry对应C6标识文件、Horse-chestnut对应H2/HCN2标识文件、Oak对应O1标识文件
数据来源
Vinchira-Villarraga et al., 2024 "Metabolic profiling and antibacterial activity of tree wood extracts obtained under variable extraction conditions"
适用场景
- 植物化学代谢谱分析：利用质谱数据与分类文件，研究不同树木木材提取物的代谢物组成及分类
- 抗菌活性关联研究：结合提取物的抗菌活性数据与代谢谱，分析代谢物与抗菌活性的潜在关联
- 质谱数据预处理方法验证：使用_batch.xml脚本，验证或复现MzMine中的质谱数据预处理流程
- 化学公式预测与化合物注释：通过_SIRIUS.mgf文件，在SIRIUS中进行化学公式预测、分类及化合物注释
- 代谢组学数据统计分析：利用_R文件，进行提取物代谢组学数据的丰富度、多样性等统计分析与可视化
