数据集概述
本数据集围绕美洲冬青栎（Quercus subsection Virentes）展开，包含基因组与种群遗传学分析相关数据，用于探究该类群的系统发育关系、分化时间、基因流模式及生态位分化机制，覆盖遗传多样性、形态功能性状及气候生态位等维度。
文件详解
- CSV格式文件（共5个）
Tree.height.csv：记录物种成熟树高数据，含物种、采样点、树高（m）等字段PCA_All_Virentes.csv：Virentes类群PCA分析结果数据Freezing.vulnerability.csv：物种抗冻性相关数据All live oak microsats_Structure.csv：核微卫星标记种群结构分析数据README_for_CP.CONCAT.csv：CP.CONCAT序列文件的说明数据，含种群、标本ID、物种、采样点经纬度等信息- XML格式文件（共3个）：
sub_c85d6m20p3.xml、sub_c85d6m20p3b.xml、sub_c85d6m20p3c.xml，为系统发育分析相关的元数据或参数配置文件
- SEQ格式文件（共3个）
CP.CONCAT.seq：叶绿体序列拼接数据trnD-trnT_all_sequences.seq：trnD-trnT叶绿体片段序列数据rp132_trnl_all_sequences.seq：rp132-trnl基因片段序列数据- PHY格式文件（共3个）：
virentes_ME_c85d6m4p3.phy、virentes_ME_sub_c85d6m20p3.phy、virentes_ME_c85d6m20p3.phy，为系统发育分析用的多序列比对数据
- TXT格式文件（共2个）
README_for_BR_FU_IMa_input.txt：IMa分析输入文件说明BR_FU_IMa_input.txt：种群分化与基因流分析（IMa）的输入数据文件
数据来源
论文“Phylogeny and biogeography of the American live oaks (Quercus subsection Virentes): a genomic and population genetics approach”
适用场景
- 植物系统发育研究：基于RADseq和序列比对数据构建美洲冬青栎的系统发育树，分析类群分化时间
- 种群遗传学分析：利用核微卫星和叶绿体数据探究物种遗传多样性、基因流模式及种群结构
- 生态位分化研究：结合树高、抗冻性等数据，分析物种功能性状与生态位分化的关联
- 生物地理学研究：通过分化时间估算与地理分布数据，探究美洲冬青栎的地理演化历史
- 进化机制探讨：分析同域/异域物种的生态位分化模式，探究物种形成与生态位分化的关系
