数据集概述
本数据集为研究微孢子虫有性繁殖与四倍体起源的支持信息，包含基因组组装数据、实验参数、进化分析结果等多类型文件，覆盖宿主性别分布、基因组特征、系统发育关系及染色体结构等核心内容，为理解微孢子虫的繁殖机制与基因组演化提供支撑。
文件详解
该数据集包含多类文件，按内容分为五大部分：
- 第一部分（基因组组装与特征）：
- Fig. S1: 微孢子虫基因组来源宿主的性别分布（图表）
- Table S1: 微孢子虫基因组组装列表及元数据（表格）
- File Collection S1: 微孢子虫基因组组装fasta文件（含主组装及单倍型序列）
- Table S2: 基因组组装过滤参数（表格）
- File Collection S2: 基因组组装中间步骤统计（文件集）
- File Collection S3: 基因组k-mer分析图（文件集）
- File Collection S4: 基因组倍性估计k-mer直方图（文件集）
- File Collection S5: Smudgeplot倍性估计图（文件集）
- Fig. S2: 三种微孢子虫基因组倍性推断示例（图表）
- File Collection S6: 基因组组装去冗余k-mer图（文件集）
- File Collection S7: 基因组自比对图（文件集）
- File Collection S8: 脚手架基因组Hi-C接触热图（文件集）
- File Collection S9: 四倍体基因组Oxford点图（文件集）
- File Collection S10: 基因组注释结果（文件集）
- Table S3: 公共可用基因组 accession 号（表格）
- 第二部分（系统发育与性状分析）：
- Table S4: 性状-系统发育回归结果（表格）
- Table S5: 性状相关性分析（表格）
- Text S1: 系统发育Newick字符串（文本）
- Fig. S3: 微孢子虫600基因系统发育树（图表）
- File Collection S11: 染色体级基因组重复序列分布（文件集）
- File Collection S12: 染色体级基因组rRNA分布（文件集）
- Fig. S4: 微孢子虫蛋白注释方法差异（图表）
- 第三部分（物种界定分析）：
- Table S6: 物种界定分支长度距离（表格）
- Fig. S5: 全基因组与单基因系统发育物种界定阈值比较（图表）
- Fig. S6: 物种界定阈值关系分析（图表）
- 第四部分（四倍体基因组特征）：
- Fig. S7: 四倍体ilAceEphe1.µ基因组不均衡性分析（图表）
- 第五部分（染色体重排分析）：
- Text S2: 染色体重排推断与方法细节（文本）
- Fig. S8: Syngraph使用的系统发育树（图表）
- Fig. S9: 节点染色体数目推断结果（图表）
- Fig. S10: BUSCO连锁群T-SNE分析（图表）
- Fig. S11: 密集采样类群对T-SNE聚类的影响（图表）
- Fig. S12: 染色体级基因组共线性图（图表）
- Fig. S13: 染色体级基因组共线性图（基于Hamiltosporidium tvaerminnensis）（图表）
适用场景
- 微孢子虫基因组演化研究：分析基因组倍性、重复序列及染色体结构变化
- 有性繁殖机制探究：结合宿主性别分布与基因组特征，研究繁殖相关分子机制
- 系统发育与物种界定：利用多基因系统发育树及分支长度阈值，开展分类学研究
- 比较基因组学分析：对比不同类群微孢子虫的基因组特征与进化轨迹
- 染色体重排规律解析：通过共线性分析，揭示微孢子虫染色体演化模式
