数据集概述
该数据集包含维得利珠单抗治疗的CD患者相关RNA测序处理数据,涵盖PBMC单细胞RNA测序和CD14+单核细胞bulk RNA测序的处理计数,以及样本和细胞元数据,为研究治疗响应机制提供数据支持。
文件详解
- bulkrnaseq.zip: 压缩文件,包含CD14+单核细胞的bulk RNA测序处理计数数据
- scrnaseq.zip: 压缩文件,包含PBMC的单细胞RNA测序处理数据
- mtx: Cellranger生成的计数、基因和细胞数据
- cell_metadata.csv: 细胞元数据文件,含RunID、SampleID、性别、年龄、吸烟状态、维得利珠单抗响应、多级别注释(manual_l1至manual_l4)、无监督聚类(seurat_clusters)
- counts.csv: CSV文件,经STAR、SAMtools、Subread::featureCounts处理的计数数据,用Ensembl基因ID注释
- metadata.csv: CSV文件,样本元数据文件,含性别、年龄、吸烟状态、维得利珠单抗响应信息
适用场景
- 炎症性肠病治疗机制研究:分析维得利珠单抗对CD患者免疫细胞转录组的影响
- 药物响应生物标志物探索:挖掘与维得利珠单抗治疗响应相关的基因表达特征
- 免疫细胞亚群功能分析:研究PBMC不同细胞亚群在治疗中的转录组变化
- 单细胞与bulk转录组整合分析:对比PBMC单细胞数据与CD14+单核细胞bulk数据的表达差异