数据集概述
本数据集聚焦现代人类生殖基因中来自尼安德特人或丹尼索瓦人的古老适应性基因渗入现象，包含基因渗入检测、正选择分析结果，以及高分辨率图片和补充表格，为研究古老基因渗入对现代人类生殖基因的影响提供数据支持。
文件详解
该数据集包含多种类型文件，具体说明如下：
- 核心分析文件:
- SPrimeOutputs4Publication.tar.gz: 压缩文件，包含经修改的SPrime识别文件，添加了古老等位基因、频率等信息，坐标已从hg38转换为hg19
- RAiSD_ReproductiveData.tar.gz: 压缩文件，包含RAiSD正选择分析结果，坐标对应hg38版本
- 补充表格文件（.xlsx格式）:
- SF_SupplementalTable3_CoreHaplotypes.xlsx: 核心单倍型补充表
- SF_SupplementalTable4_OpenGWAS.xlsx: OpenGWAS补充表
- SF_SupplementalTable2_HighFrequencyVariants.xlsx: 高频变异补充表
- SF_SupplementalTable8_GeneOntology.xlsx: 基因本体补充表
- SF_SupplementalTable9_ShinyGo_CommonGenes.xlsx: ShinyGo共同基因补充表
- CSNK1A1-ENSG00000230551.traits.xlsx: CSNK1A1基因相关性状数据
- 图片文件（.pdf格式）:
- Fig1_VariantCounts.pdf: 变异计数图
- Fig2_HaplotypeNetwork.pdf: 单倍型网络图
- Fig3_ARG.pdf: 祖先重组图
- Fig4_Contour.pdf: 等高线图
- Fig5_AlleleFreqs.pdf: 等位基因频率图
- 序列文件（.nex格式）:
- SF_CSNK1A1-ENSG00000230551_aligned.haplotype.nex: CSNK1A1基因比对单倍型序列
- SF_CSNK1A1-ENSG00000230551_aligned.haplotype.subset.nex: CSNK1A1基因比对单倍型子集序列
适用场景
- 进化生物学研究: 分析古老基因渗入对现代人类生殖基因的适应性影响
- 遗传学分析: 探究生殖基因中高频率变异与古老等位基因的关联
- 生物信息学应用: 基于单倍型数据构建基因演化网络模型
- 医学遗传学研究: 挖掘生殖相关基因中古老渗入片段的潜在功能意义
