数据集概述
本数据集基于RNA-seq和机器学习方法，研究小立碗藓（Physcomitrella patens）中SMG1基因在mRNA、DNA及蛋白质质量控制通路中的作用，包含转录组分析、表型数据及相关代码文件，为植物质量控制过程研究提供数据支持。
文件详解
- 转录组注释文件：cufflinks_james_WT_dsmg1_V16.pasa_assemblies_with_V1.6.sorted.fixed_genes_without_strand.strand_checked.annotated_AS.candidate_mRNAs.selectedORFs.AS_consequence_annotation.events.for_gbrowse.gff3，格式为GFF3，包含可变剪接事件注释信息
- 表型数据文件：Tm_21day_area_data.txt，格式为TXT，包含药物处理、基因型及表型面积数据（字段示例：Drug、Genotype、Area）
- 代码压缩包：source_code.tar.gz，格式为压缩包，包含分析所用源代码
- 转录组组装文件：cufflinks_james_WT_dsmg1_V16.pasa_assemblies_with_V1.6.sorted.fixed_genes_without_strand.strand_checked.annotated_AS.candidate_mRNAs.selectedORFs.gff.gz，格式为压缩GFF，包含转录本组装注释信息
- 可变剪接注释文件：cufflinks_james_WT_dsmg1_V16.pasa_assemblies_with_V1.6.sorted.fixed_genes_without_strand.strand_checked.annotated_AS.candidate_mRNAs.selectedORFs.AS_consequence_annotation.expanded.txt.gz，格式为压缩TXT，包含扩展的可变剪接后果注释
- 数据分析代码：Area-Drug-Genotype.ANOVA.ipynb，格式为Jupyter Notebook，包含ANOVA分析代码
- 分析报告文件：Area-Drug-Genotype.ANOVA.html，格式为HTML，包含ANOVA分析结果报告
适用场景
- 植物分子生物学研究：分析SMG1在植物质量控制通路中的功能
- 转录组学分析：研究可变剪接事件与NMD通路的关联
- 表型组学研究：探究SMG1缺失对DNA损伤及未折叠蛋白响应的表型影响
- 生物信息学方法应用：验证机器学习在转录本NMD靶标预测中的应用
- 植物逆境响应研究：分析SMG1对DNA损伤及蛋白折叠压力的响应机制
