数据集概述
该数据集围绕系统发育分析中分层特征整合展开，包含用于评估新优化标准的合成与实证数据，涉及字符矩阵、字符类型文件及系统发育树文件，支持对比不同处理不适用字符方法的效果。
文件详解
- 核心数据文件：
- 10个.nex格式文件（如cusack_et_al_1999_primaries_only.nex）：字符矩阵文件，存储分类单元的特征数据，包含原始编码与重新编码的分层特征信息
- 5个.txt格式文件（如typeBal8-20.txt）：字符类型文件，字段示例包括字符序号、类型（P=主要/S=次要）、控制主要字符序号（NA表示无）
- 系统发育树文件：
- 2个.tre格式文件（如fernandez_paup_search_primaries_only.tre）：存储系统发育树结构数据
- 说明文档：
- README.txt：数据集说明文档，解释字符矩阵与字符类型文件的关联规则，包括主要/次要字符定义及控制关系
- SOM.pdf：补充材料文档，提供方法细节与额外分析结果
适用场景
- 系统发育学研究：对比不同处理不适用字符的系统发育树优化方法效果
- 生物分类学分析：基于分层特征数据构建化石或现生生物的系统发育关系
- 计算生物学算法验证：测试多项式时间评分算法在合成与实证数据上的性能
- 进化生物学方法比较：评估新优化标准与最大简约法等传统方法的差异
