数据集概述
本数据集包含胰岛素-受体复合物的短分子动力学模拟数据、11埃片段结构数据及氨基酸二聚体数据,涉及分子结构、动力学轨迹及氨基酸相互作用对的信息,为研究胰岛素与受体的结合机制提供数据支持。
文件详解
该数据集按目录分类存储,具体说明如下:
- Short-MD目录:
- minimized.pdb:胰岛素-受体复合物的最小化结构文件,PDB格式,为残基编号提供参考
- Run.pdb:3组短分子动力学模拟的起始结构文件,PDB格式
- Run.xtc:3组短分子动力学模拟的轨迹文件,XTC格式
- 11A-fragments目录:
- 按轨迹(traj-1、traj-2、traj-3)及优化方法(MM_GB_optimized等)分类存储截断的胰岛素-受体复合物片段,每组轨迹含10个片段文件,PDB格式
- Amino-acid-dimers目录:
- 按轨迹(traj_1、traj_2、traj_3)分类存储氨基酸对的XYZ文件,记录不同轨迹中氨基酸相互作用对的结构信息
适用场景
- 生物化学研究:分析胰岛素与受体的分子结合机制及结构特征
- 分子动力学分析:探究胰岛素-受体复合物的动态变化规律
- 结构生物学研究:研究氨基酸相互作用对在复合物中的作用
- 药物研发参考:为胰岛素相关药物的设计与优化提供结构数据支持