数据集概述
该数据集围绕印太红藻Portieria的物种多样性模式与驱动因素展开，包含系统发育分析相关的序列比对、进化树、生物地理模型分析文件及样本采集数据，为研究该红藻的演化历史与生物地理格局提供支持。
文件详解
- 核心数据文件：
- 序列比对文件：如01_alignment_cox1.fas、01_alignment_EF2_part1.fas等，FAS格式，包含cox1、EF2等基因的序列比对数据
- 系统发育树文件：02_time_calibrated_phylogeny_BEAST.tre（TRE格式）、03_biogeobears_combined_trees_run23.phy.tre（TRE格式），记录时间校准的系统发育树
- 采集数据文件：00_collection_data.xlsx（XLSX格式），包含802份标本的分布数据
- 生物地理分析文件：
- 模型输入输出文件：如03_biogeobears_12regions_dispersal_multipliers_v1.txt（TXT格式）、03_biogeobears_02_twelve_regions_unconstrained_output_12_regions_unconstrained.xlsx（XLSX格式），记录Biogeobears分析的参数设置与结果
- 可视化与统计文件：03_biogeobears_02_twelve_regions_unconstrained_Portieria_12regions_BAYAREALIKE_vs_BAYAREALIKE+J_unconstrained_v1.pdf（PDF格式）、03_biogeobears_04_bayesian_stochastic_mapping_event_counts.xlsx（XLSX格式），展示生物地理模型比较及事件统计结果
- 代码文件：如03_biogeobears_00_Bayesian Stochastic Mapping_Portieria.r（R格式），包含贝叶斯随机映射分析的代码
数据来源
Journal of Biogeography研究论文（Leliaert F等，2018）
适用场景
- 海洋植物学研究：分析印太红藻Portieria的物种多样性分布与演化驱动因素
- 生物地理学研究：探究海洋藻类的历史生物地理格局及地理隔离对物种形成的影响
- 系统发育分析：验证DNA条形码技术在红藻物种界定中的应用效果
- 生态与进化建模：基于Biogeobears模型模拟物种地理分布范围的演化过程
- 海洋生物多样性保护：为印太地区红藻资源的保护策略制定提供科学依据
