数据集概述
本数据集包含Zenodo仓库中30个用于分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）和MERFISH数据的原始脚本，支持Cell Reports论文“A Basophil-Fibroblast Pro-inflammatory Axis Fuels Type 2 Skin Inflammation”的研究。脚本覆盖数据处理、空间分析、可视化等环节，以R语言脚本为主，辅助Python、Shell等脚本及配置文件。
文件详解
- 代码文件（Code files）
- 文件名称：包含RG_V6_make_baysor.sh、21_Fig4_MERFISH_sc_neighborhood_filtering.R、14_convert_seurat_obj_to_h5ad.R、04.joint_broad_cluster_labeling.R、03.merfish_sc_int.R、18_Fig4_scRNA_int_gs_for_cellchat.R、01.creating_merfish_objects.R、17_Fig3_Neighborhood_donut_plots.R、08.calculate_areas_from_centroids.py、baysor2vizgen.py、RG_vpt_make_lsf_cellpose0.99.lsf.sh等26个文件
- 文件格式：.r（24个）、.sh（2个）、.py（2个）
- 字段映射介绍：R脚本用于单细胞数据整合、聚类、细胞通讯分析、可视化等；Shell脚本用于任务提交；Python脚本用于空间数据处理
- 配置与参数文件（Config & parameter files）
- 文件名称：cellpose_cb3_dapi.12um_flow_0.99.json、input_config_v6.toml
- 文件格式：.json（1个）、.toml（1个）
- 字段映射介绍：JSON文件包含实验属性、分割任务、输出文件等配置；TOML文件为输入配置文件
数据来源
Zenodo仓库及Cell Reports论文“A Basophil-Fibroblast Pro-inflammatory Axis Fuels Type 2 Skin Inflammation”
适用场景
- 单细胞RNA测序数据分析: 利用R脚本进行scRNA-seq数据的聚类、细胞类型注释及细胞通讯分析
- 空间转录组数据处理: 通过MERFISH相关脚本实现空间细胞邻里分析、区域可视化
- 生物医学图像分割: 使用Cellpose配置文件进行细胞分割任务的参数设置与流程管理
- 皮肤炎症机制研究: 辅助解析嗜碱性粒细胞-成纤维细胞轴在2型皮肤炎症中的促炎作用
- 生物信息学工作流复现: 基于脚本复现论文中的数据分析流程与结果可视化
