数据集概述
本数据集为Jennifer E. Gleason博士论文的补充材料，包含生物信息学数据处理相关的方法文档、代码及原始数据，共6个文件，涉及数据清洗协议、R代码及JAMP处理后的原始CSV数据，支持论文研究内容的可重复性验证与扩展分析。
文件详解
- 文档类文件
- 文件名称：Appendix1_DataCleaningMethods.docx
- 文件格式：DOCX
- 内容介绍：阐述使用metabaR进行生物信息学处理后的数据清洗协议
- 代码类文件
- 文件名称：Appendix2_metabaR_code.R
- 文件格式：R
- 内容介绍：遵循Appendix1协议实现数据清洗的R代码
- 数据类文件（CSV格式，共4个）
- Appendix3A_ReadTable.csv：包含OTU_ID及OTU_1至OTU_29等列的测序数据表格
- Appendix3B_OTU_taxonomy.csv：包含OTU_ID、marker、seq_count、分类学信息（门、纲、目等）及序列相似性的分类数据
- Appendix3C_PCRs.csv：PCR相关元数据
- Appendix3D_SampleMetadata.csv：样本元数据
数据来源
Jennifer E. Gleason的PhD thesis
适用场景
- 生物信息学数据处理方法研究：参考数据清洗协议与代码实现，优化metabaR工具的应用流程
- 学术研究可重复性验证：复现博士论文中生物信息学分析的关键步骤
- 微生物组数据分析：基于OTU分类数据与样本元数据，开展微生物群落结构相关研究
- 生物信息学教学实践：作为生物信息学课程中数据处理环节的案例教学材料
