数据集概述
本数据集包含整合型翻译后修饰（PTM）与总蛋白质组分析的完整计算工作流实例，基于Maculins等（eLife 2021）的Atg16l1巨噬细胞实验数据，可区分差异PTM表达（DPE）与差异PTM使用（DPU），支持蛋白质组学分析的复现与方法适配。
文件详解
该数据集为压缩包文件，内部包含以下核心内容：
- 压缩包名称: PTM_analysis_example.zip
- 压缩包格式: ZIP (.zip)
- 内部核心文件与目录:
- 核心分析脚本: 含prolfqua_dataset.sh、prolfqua_dea.sh等Shell脚本及config.yaml配置文件
- 质量控制报告: QCReport.html（TMT数据质量分析）
- 差异表达分析结果: 含总蛋白质组、单一位点PTM、多位点PTM三个子目录（DEA_*），各目录下有HTML报告、Excel结果表等
- 整合PTM分析结果: Result_phosphoAndTotalIntegration.html（交互式整合报告）、Result_phosphoAndTotalIntegration.xlsx（统计结果表）、Site_differential_Expression.pdf等可视化文件
- 文档与源代码: Supplementary_Material_v2.html/pdf（方法学文档）、dataset_with_contrasts.tsv（实验设计注释）
适用场景
- 蛋白质组学研究: 复现或适配PTM与总蛋白质组整合分析流程
- 生物信息学方法验证: 测试差异PTM表达与使用的区分算法
- 实验数据二次分析: 基于巨噬细胞自噬实验数据开展深入生物机制研究
- 计算生物学教学: 作为PTM定量分析的实操案例素材
