数据集概述
本数据集来自对荷兰和英国两个野生大山雀种群数量性状遗传结构的重复分析研究，探讨性状变异的基因效应、加性遗传变异的基因组位置及不同种群间的基因座一致性。数据支持分析数量性状的遗传基础，包含基因型、系谱、性状和GWAS结果等多类型文件，共十一个文件。
文件详解
- 说明文件：
- 文件名称：data_readme.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含数据处理说明，记录荷兰（1,407个体）和英国（2,497个体）确认身份的基因型个体数量，以及PLINK格式文件的结构说明
- 遗传图谱文件：
- 文件名称：framework_without_LD_map.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含marker（标记）、chromosome（染色体）、position_cM（厘摩位置）字段，记录遗传标记的染色体定位信息
- 系谱文件：
- 文件名称：UK_QTL_mapping_pedigree.txt、NL_QTL_mapping_pedigree.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：记录英国和荷兰种群QTL定位分析所需的系谱信息
- 性状数据文件：
- 文件名称：NL_traits.xlsx、UK_traits.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含荷兰和英国种群的数量性状数据
- PLINK基因型文件：
- 文件名称：UK_numeric_ids.ped、UK_numeric_ids.map、NL_numeric_ids.ped、NL_numeric_ids.map
- 文件格式：PED、MAP
- 字段映射介绍：标准PLINK格式文件，PED文件包含家系ID、个体ID等基因型数据，MAP文件包含标记的染色体和位置信息
- 全基因组关联分析结果文件：
- 文件名称：GWAS_results.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：压缩包形式存储的全基因组关联分析结果数据
数据来源
论文“Replicated analysis of the genetic architecture of quantitative traits in two wild great tit populations”
适用场景
- 数量性状遗传结构研究：分析野生种群中数量性状的基因效应大小及分布
- 种群遗传学比较：对比不同地理种群（荷兰、英国）的遗传基础一致性
- 遗传图谱应用：利用遗传标记位置数据开展基因定位相关研究
- 全基因组关联分析验证：基于GWAS结果文件复现或扩展数量性状关联分析
- 系谱数据分析：通过系谱文件开展数量遗传学中的遗传参数估计研究
